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及38年8月27日海軍宣佈關閉福州，切斷馬祖與大陸的往來，民國39年5月國軍自西南地區撤守，大陸至是全部淪陷，海軍亦停止關閉作業，海軍馬祖巡處主要任務改為為保衛台海與馬祖基地的安全。
民國38年年中，政府在台北成立東南軍政長官公署，統一指揮臺灣及閩浙沿海島嶼軍政事宜，以陳誠為長官，孫立人為副長官兼臺灣防衛司令(司令部在高雄鳳山)，民國39年9月9日臺灣防衛副司令舒適存將軍率隨員五人到馬祖視察，除登南北竿二島外，並到西莒視察游擊（東海）部隊，返台後謂馬祖為防衛台灣前哨，對中共之監視尤為有利，島上官兵生活清苦，但士氣旺盛，軍民合作無間，唯因交通不便，官兵衣食補給困難，亦認為游擊隊實力頗為雄厚。
38年9月1日馬祖成立馬祖指揮部，以海軍馬祖巡防處處長關鏞兼為指揮官，先是隸屬台灣警備司令部，39年6月月改隸台灣防衛司令部。馬祖指揮部成立時，青年軍207師副師長周中峰率620團、621團及搜索連從台灣前來馬祖戍守，周中峰兼為副指揮官。其後接防者為陸軍339師1015團，由副師長陳威那為指揮部副指揮，作戰管制仍歸海軍巡防處。民國40年1月，92師接替馬祖防務，由師長李毓南兼指揮官，隨後由獨立13師入替，師長劉明奎兼指揮官，直隸於台灣防衛司令。
民國41年11月馬祖指揮部改隸金門防衛司令部，國軍18師由金門調訪馬祖，師長孟述美兼指揮官，以52團進駐北竿外，其餘均駐南竿，擔任南北竿之守備，此外另有特種工兵第3中隊負責佈雷作業、聯勤16補給站擔任糧秣、油彈及被服之補給，憲兵隊則任軍紀及治安維持及港口檢查，航運站任本島之船舶運輸調配，另海軍巡防處轄三艦三艇，平時擔任海上巡邏、警戒，戰時支援海上戰鬥，馬祖指揮部的雛形粗具規模。 43年，69師及反共救國軍接替馬祖防務，由師長何俊兼指揮官。
民國44年3月國防部成立馬祖守備區指揮部，下轄馬祖東、馬祖西，白犬、北高、東引等個守備隊，以及高砲指揮部、砲兵指揮部，師長華心權兼首任馬祖守備區指揮官，民國48年馬祖東和馬祖西守備隊合併為南竿守備隊。
民國54 年5月16日，馬祖守備區指揮部改編為馬祖防衛司令部，隊名雲台部隊，原各島守備隊改番號為：東引守備區、北高守備區、白犬守備區、南竿東西守備區、浪島守備隊、砲指部、防砲四團、支指部、港指部。馬指部隷屬於陸軍總部，原指揮官雷開瑄改派為首任防衛司令官。隨著兩岸關係的和緩，民國88年國軍實施「精實案」，駐防馬祖軍隊縮編，至民國95年馬祖防衛司令部改制為馬祖防衛指揮部迄今，總言之，自民國38年以迄兩岸關係緩和為止，馬祖地區一直扮演著戰地前線的角色。
民國38年國軍正規部隊進駐馬祖之前，東海部隊在王調勳等人的率領下進駐包括今馬祖北竿、莒光、東引及烏坵、岱山等閩浙沿海島嶼。王調勳原任福建省調查室主任兼福州戒嚴副司令，共軍進入福州後，王調勳與撤退到福州的原保密局同志、各軍校畢業生等人共商籌組游擊隊，並號召反共志士及沿海漁民加入，因倉促成軍，成員的出身背景亦不拘一格，當中有國大代表、縣長、老師、公務員以及昔日和平救國軍舊部等，王調勳在抗戰時曾任軍統局閩北站主任，游擊隊幹部不乏抗戰時期滲透到馬祖列島的「福建和平救國軍」舊部。因全員幾乎都是操福州語，情感上大家都是同鄉共井，因此在亂局中凝聚力甚強，部隊號令嚴明，組織健全，雖稱為游擊隊，但很難以雜牌軍喻之。
東海部隊先是於38年6月在川石島成軍，當時先請得「福建建省海上保安第一縱隊」（代號海保部隊）的番號，部隊設有作戰處、通訊隊、砲兵隊、機輪總隊及五個支隊，由王調勳任出任司令，副司令為林滄圃、陳毓輝，參謀長為林蔭。當共軍席捲大陸時，海保部隊進駐包括今北竿閩浙沿海諸島，成為最早進駐馬祖列島的反共部隊，及39年初主力由北竿進駐白肯島（今東西莒），全員不計眷屬號稱四千餘人，並分軍派駐東引、烏坵，西洋、浮鷹、四礵、岱山、南麂等小島，民國40年奉令改稱反共救國軍，即一般通稱之東海部隊。
東海部隊在國軍正式進駐馬祖之前，今馬祖列島連江縣四鄉五島中的三鄉（北竿、莒光和東引）四島（北竿、東莒、西莒、東引），外帶現由金門代管的烏坵鄉，都有過東海部隊的足跡，尤其是當時東海部隊主力所在的西莒島，兵馬雜遝，人煙鼎盛，按《東海部隊奮鬥史》一書稱東海部隊人員約四千餘，然國防部只撥給1257人份的糧食，其餘薪餉、服裝自籌，因此械彈不足，糧餉奇缺，如果加計眷屬，人數更是可觀，然要靠當地供給糧食根本不可能，旋因韓戰爆發，美國西方公司（Western Enterprises Inc.）為蒐集共產黨情報及牽制中共，西方公司於是提供武器錢糧，而東海部隊則配合在大陸沿海展開突擊作戰，一方面「因糧於敵」以補糧餉之不足，一方面為西方公司蒐集情報資料， 東海部隊因此而犠牲性命者不在少數。
西方公司於1951年2月在美國賓州匹茲堡註冊，直屬於中央情報局（CIA）的「政策協調處」（Office of Policy Coordination），韓戰爆發後，主要倡議成立者為蔣夫人宋美齡、飛虎將軍陳納德（Claire L. Chennault）、中央情報局局長艾倫•杜勒斯等，最主要的推動人則是中情局政策協調處處長魏斯納（Frank Wisner），出面的負責人是布立克（ Frank Brick），全盛時期不計支援性職員，其工作人員有70多人，多是中情局情報老手及借調而來的美軍軍官，包括游擊戰術、爆破、密碼解譯、傘兵訓練、心戰等方面的專家。名義上以經營進出口貿易的西方公司為掩護，在臺灣訓練游擊隊，策畫並執行突擊大陸與蒐集情報的工作，活動基地則在金馬外島，台灣總部設於台北市中山北路，靠近圓山飯店，首任負責人是皮爾斯（William Ray Peers）中校。
西方公司人員為從事對大陸敵情的偵察工作，除提供情報並協助游擊隊攔截開往大陸港口的商船，為此西方公司在白犬島設置連絡站。全盛時白犬島上駐有西方公司人員8人，韓戰結束後，西方公司在白犬島上常駐的美國人先後有蒙哥馬利（Philip T. Montgomery）、柯邁可（Michael D. Coe）、詹姆士（Campbell R. James）等，因東海部隊之攔截船隻曾引起一些國際糾紛，其中被攔截的貨輪以從香港出發去大陸的英國船隻居多，有一次游擊隊截一艘1200百噸的「海立抗」（The Helikon）貨船，在白犬島上的柯邁可派翻譯和英籍船長談話，結果中了英國船長的圈套，洩了西方公司的底， 因而喧騰國際一時。
西方公司一直到1955年初才告壽終正寢，而東海部隊提早在民國42年被整編，由馬祖指揮部派步兵18師53團進駐白犬島，為國軍正規部隊進駐今莒光島之始。東海部隊在整編前有17戶眷屬撤退到台北縣內湖鄉（今台北市內湖區）的馬祖新村（馬祖新村在八七水災時被沖毀，後改建為清白新村），而東海部隊成員則被打散，隨國軍輪調各地，其中一部份東海舊部後來在金門參與823砲戰。
民國40年初因各游擊隊番號不一，是年1月1日國防部整合福建突擊部隊，將「福建省游擊指揮部」改編為「福建反共救國軍總指揮部」，並將全福建省區分為閩南、閩北兩地區司令部，各以金門和白犬為基地，總指揮官由胡璉兼任，柯遠芬、曹振鐸和沈向奎等分任副總指揮官，總部設於金門，指揮部設有軍事、秘書和經濟三處和政治部。民國43年福建總指揮部調整編制，撤銷閩北，閩南兩地區司令部，改編為閩南和閩北兩敵後工作處，由國防部情報局指揮，是年5月1日劉玉章繼胡璉兼總指揮。
民國44年大陳島撤退，「江浙反共救國軍總指揮部」先是進駐嘉義後，再轉澎湖漁翁島整訓，當年四月改編為反共救國軍第一總隊，同年總指揮部改隸陸軍總司令部，而閩北、閩南兩地區敵後工作處及所屬十個縱隊，改隸國防部情報局，旋改總指揮部為反共救國軍第二總隊，同年5月反共救國軍指揮部成立於台北圓山，直隸陸軍總部。11月1日，救一總隊開往東引、烏坵及東犬擔任守備任務。44年12月1日東引守備區指揮部成立，作戰指揮權移轉海軍總部，民國46年6月第二總隊調戍東引，第一總隊奉命將東引防務移交第二總隊接替。直到民國49年11月1日正式啟用「陸軍反共救國軍指揮部」，東引亦為反共救國軍指揮部所在。
民國54年馬祖指揮部改編為馬祖防衛司令部，東引反共救國軍指揮部改隸馬防部指揮。58年張兆驄少將任指揮官時以忠義驃悍為反共救軍精神，從59年開始，反共救國軍配合政府政策，除了陣地軍備建設外，另在東引興建大我國中，增開水源，紫澳水壩等工程，同時籌建供電系統、修建國民住宅、整修東引八景，對東引建設貢獻良多，民國62年烏邱守任務移撥海軍陸戰隊，反共救國軍專戍東引。
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