中正國民中小學前身為馬祖國民學校，成立於民國39年。創校之時，校舍借用民房，翌年始徵地建校（現馬祖圖書館址），民國48年再增建教室。民國55年推行小學強迫入學政令，學生人數急速成長，原有校舍設備不敷使用，連江縣長陳正福策劃，闢國小部現址增建校舍，翌年落成。民國55年，為紀念黃花崗連江籍陳清疇烈士，更名為「連江縣立清疇國民小學」，並增設四維分校（民國65年撤銷）。民國59年為貫徹先總統蔣公推行九年國民教育，擇清疇國小左側闢建校舍，增設中正國民中學，並將原就讀馬祖中學之西區六村國中學生，劃歸中正國中就讀，派任陳明月為首任校長。民國 60 年清疇國小校長曾淼祥調台，縣府鑑於國中小毗鄰，乃令中正國中校長兼清疇國小校長。民國63年1月奉令「中正國中」與「清疇國小」合併為「連江縣立中正國民中小學」，實施九年一貫教育，至此校制再無變更。
南竿鄉消失的學校：
（資料來源：103年續修連江縣志〈教育志〉／劉宏文主撰）