同年7月1日，由兵工部隊動工將陸軍清水澳口上方坡地之軍糧庫房及訓練基地營房，改建為歷史博物館。熊德銓中校負責美工設計與規劃展出內容；內部設計區分為二廳四室，規劃為史蹟館、心戰館、建設館與大陸漁民展覽館。中央大廳以總統暨行政院長蔣經國歷次蒞臨馬祖的訓勉為主題，繪製八到十二幅油畫懸掛大廳四週；樓梯間正上方懸掛大幅總統肖像油畫及對馬祖的訓示及戰地政務實施成效說明；大廳左方為簡報室，設置電影銀幕、16釐米電影放映機、幻燈機等，介紹地區歷史、特性、建設現況及確保馬祖之價值等；大廳右側為政治作戰資料展覽室，屏風正面為政戰圖案，背面摘錄總統有關心戰重要指示；另以圖表文字展出共匪心戰傳單、對我心戰伎倆與陰謀，以及大陸同胞受共產壓迫下之生活慘狀之圖片、照片，與千瘡百孔之破舊衣物、日常用品，並與我方空飄贈送大陸同胞之各式贈品作對比。 7月31日，正式定名為「馬祖歷史文物館」。政委會責成工兵部隊趕建之「馬祖歷史文物館」，由於是軍方規劃，因此以政治教育與反共宣傳做為博物館展示的主要內容，缺乏文物、器皿、風俗、文化等馬祖的歷史呈現。
同年9月開始，縣政府文教科長蔣榮森偕同婦女會理事長林好音赴各村遊說，勸募文物，以充實館藏。縣府也對某些特別珍貴文物酌予報酬，並印製精美紀念冊致贈捐獻文物的民眾。文物館陳列的所有文物將標示文物名稱與捐獻者姓名以表尊重；期間南竿民眾共提供古文物68種，漁會職員林培燊捐獻福建文獻8冊。
民國63年10月31日，馬祖歷史文物館與介壽公園正式落成開放。主建築與前端忠義、介壽二亭成鼎足之勢。文物館內分一室二廳三館，兩側浮雕一為持槍戰士、另一為揚帆漁舟。兩個正廳分居樓上、下，分別展出總統與副總統暨行政院長歷年巡視馬祖之圖片，以及管、教、養、衛的訓示。正廳總統肖像兩側是司令官手書的「確保馬祖十大勝利保證」與「建設馬祖十大目標」，另有簡報室及、心戰、史蹟、建設三館。地區民眾捐獻與募集的各類文物則安置於陳列櫃內在其他三館展出；歷史文物館牆面浮雕作者是畢業於國立藝專的王秀杞、李仁惠、彭錦陽。
戰地政務時期的馬祖歷史文物館
民國71年5月，由於文物館館藏不豐且缺乏專業規劃管理，建物與展品逐漸殘缺毀損，教化成效不彰。政委會決定整建，並成立整建籌備編組，納入地方人士、官員與地區藝術、社教領域教師參與規劃。 規劃設計組長廖學志，副組長曹原彰、嚴軫，組員：張信義、宋秋官及防區工程設計人員3至5名。資料收集組長曹常順，副組長陳天國，組員：陳全英、吳依水，陳應城及游慶平。資料調查小組長：張祥壽、黃啟忠、陳建光、陳安國四位鄉長。同年6月起，持續動員鄉長、村長、村幹事挨家挨戶勸導民眾捐獻文物，包括：農具、瓶甕、碗盤、器皿、衣物、首飾，鳳冠等，較珍貴的金銀髮簪、手鐲、項鍊、耳墜等首飾，則以寄存文物館的方式借展。
民國71年，歷史文物館決定收藏聳立於塘岐老街的鹽政公告石碑，請駐軍工兵協助挖掘運至南竿文物館典藏；挖掘動作引來鄉民圍觀，要求鄉長黃啟忠「評理」。黃啟忠解釋，石碑屹立塘岐年代久遠，是鄉民的精神依托，為維護文化古蹟，免於風雨侵蝕，決定移至歷史文物館專人管理維護。黃啟忠並要求政府能請專家拓印碑文，一份留存北竿鄉公所，一份贈送國立歷史博物館或故宮博物院，提供中外人士與學者專家研究、鑑賞。
蔣經國蒞馬，在馬祖歷史文物館前廣場訓話。
整建後的歷史文物館，大門前展列古砲、閩浙總督鹽政告示碑與石器，樓下右側為民俗廳，展示先民婚喪喜慶之各式祭祀禮器，及起居日常用品，包括釀酒器具、酒器，廚房烹煮之灶、鼎、風爐，結婚時新娘乘坐的紅轎，另有石磨、石臼，漁具與竹器。左側為景文廳，展示先民文物遺跡，包括陶瓷、瓶甕、銀飾、銀幣、契約、服飾、髮髻、耳飾、大埔石刻拓本等。樓上右側為振武廳，為感懷清末黃花崗革命七十二烈士中有連江籍十位烈士，獻身革命大業，為中華歷史增添悲壯史頁之剛毅勇武精神，以及20多年來，陸、海、空三軍及自衛隊在本縣之戰史、戰功；大陸居民悲慘生活之圖片，及先民與海搏鬥，對抗倭寇、海盜之艱辛歷史。左側為懷德廳，感懷先總統蔣公及各級長官蒞臨馬祖巡視，展出照片、歷史文件，以及地區各項建設與進步之成果。
民國75年，馬祖歷史文物館自成立以來因屬臨時編組，館長一職皆由社教館長兼任，另配置一名臨時雇員與一名工友負責執行日常業務，館務推行人力明顯不足。為強化館務，避免業務重疊，社教館與歷史文物館予以合併，以收事權統一，順利推展館務之效。
民國76年，歷史文物館因展品內容未見更新與增添，展示空間侷促，司令官決定再次整建，由畢業於文化大學美術系的曹永平與吳靖文負責規劃、設計 ，陳天國等人參與意見，經費約80萬元。整建後，重新規劃展示空間與動線，包括箱型冷氣裝配，各展示廳依功能重新配置，一、二樓客廳展示馬祖名酒。文物館樓下右側為「民俗廳」，分成四部分，分別展示酒器、禮器、竹器、石器；左側「景文廳」展示先民文稿、契約、信件、借據以及陶瓷與銀器；樓上右側為「振武廳」，展示先民胼手胝足與大海、荒山奮鬥拼搏之生活史，其中有「討海」為生之各式漁具，以及抗倭寇、伐海盜、剿日敵、滅漢奸之史蹟，以及黃花崗之役連江籍十烈士之義行、功績與生平簡介，戰地政務期間「民眾自衛隊」 反共戰鬥以保鄉衛國之各項訓練與戰鬥事蹟；右側為「懷德廳」，感念先總統蔣公及各級長官歷次蒞臨馬祖巡視之照片以及各對防區各項政經建設之訓詞與指示 。
華視主播胡婉玲在馬祖歷史文物館留影（曹原彰攝）
民國82年，北竿塘岐國小主任鄭敏興將家藏文物包括飲器、算盤等一批，捐贈歷史文物館典藏，以妥善保存文物，充實館藏內容 。
民國85年，首屆民選縣長曹常順深感本縣先民囤居、開墾、漁耕之歷史、文物、史料等蒐集、保存與研究工作刻不容緩，而地區現有之歷史文物館無論建築空間，館藏規模、文物研究，皆不足以承擔此繼往開來之重責大任，於民國85年11月，在縣議會施政報告中，宣告籌建「馬祖民俗文物館」，以蒐集、保存、研究地方歷史與文物。在地方歲入預算極為拮据下，先行編列「馬祖民俗文物館」工程規劃經費150萬元，委請黃長美建築師事務所負責規劃工作，歷時半年於86年1月完成規劃設計。「馬祖民俗文物館」之命名，係採納民俗學者劉還月之建議，認為地區蒐集、研究之文物性質、種類，多屬民俗文物，少見歷經千百年歷史之器物，以求名實相符 。民俗文物館經縣議會大會通過，選擇南竿清水村現有馬祖歷史文物館原址拆除重建，佔地約四百餘坪，緊鄰勝利水庫，與經國紀念館相接，地勢平坦，視野開闊。
民國86年，曹常順縣長指示文教科積極向中央爭取經費，86年8月奉行政院核准專案補助經費1億8千萬元，同年9月，經公開徵選仍由黃長美建築師事務所負責細部設計案，87年6月底完成設計，隨即發包，由瑞山營造事業有限公司承造，88年1月19日興工。
備註：上文摘自103年續修縣志《文化志》，劉宏文主纂。
消失的馬祖歷史文物館�續修縣志《文化志》
民國63年2月，馬防部暨政委會決定籌設「馬祖歷史博物館」， 於同年3月完成任務編組，主任委員由司令官兼任，委員：副司令官、防衛部參謀長、政戰部主任、東引南北竿及莒光指揮官、連江縣長張佐鵬、執行小組長政戰部主任兼任，副小組長孫竺，綜合協調官徐佐理。設計股長張尚吉，副股長潘輔，股員有張清國、宋秋官、潘兆禎、張炎輝。資料股長蔣榮森，股員盛大用、曾顯雄、張炳燃、林長瑞、林其進、劉增鎤、邱建嵐。綜合股長陳國訓，股員楊光隆、張冠宇、張志灝、李永照。
我看站長這篇文章，心有戚戚焉。從民國63年2月到88年1月19日動工，歷經25年，馬祖縣民應該深深感謝文章中前輩（包括軍民）的辛勞的付出才有現今歷史文物館的誕生。歷史最容易被世人遺忘，像經歷第一次世界大戰還發生二次世界大戰，人類始終無法從歷史中學到教訓。消失的文物盡力補上有多少算多少，只要大家合一同心不但物可補上縣志更可續修。朋友：創業難，守成更不易。願大夥努力吧！