輪值做頭者向各家戶收取費用購買庫寶、元寶後，以一定數量的金紙發配各戶摺成元寶狀，當天送至廟裡，村民並依指示準備供品，齊聚廟前或海口，面朝海口設一香案，請來廟裡神明香爐，由道士焚香誦經後焚燒元寶，祈求神明保佑全境平安。另外，儀式最後道士將供品（齋仔、明頭）灑向四面八方，意為給孤魂野鬼食用，由於馬祖沒有中元普渡的儀式，因此透過補庫時有集體安撫作用，儀式完畢則各家戶會領經過神明加持的黃符貼在門楣上，象徵保佑平安。
廟宇舉行補庫儀式，在添補神明的財庫，多數廟宇會在補庫儀式祭祀後進行「搶包」，由當頭從每份「炊」中取出數個甜品，以拋丟的方式讓小朋友們搶奪，這充滿趣味性的傳統餘興節目讓多數小朋友期待，小朋友們也只記得要「搶包」，卻不記得甚麼是「補庫」！
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