明洪武二十年(1387)實施海禁政策，兩島居民一度被遷入內地居住，南、北竿島和東、西莒島、東引島、亮島等今連江縣所轄各島，皆被納為巡哨要地。爾後海禁稍寬，最晚至弘治三年(1490)，南竿島有竹滬、湖尾等六澳聚落墾成，北竿島也有白沙、鏡、塍等七澳出現。兩島在萬曆七年(1579)隸屬於福建承宣布政使司福州府連江縣永福鄉所轄。其餘東、西莒等今連江縣各島，仍未見編入正式行政區劃。
清順治十八年(1661)再度實施海禁，南、北竿等島居民又再內遷。康熙二十二年(1683)後海禁漸寬，各島移民日增，乾隆二年(1737)，北竿島已隸屬福建省東路道福州府連江縣管轄，南竿島改納為閩縣轄域，東、西莒島劃屬長樂縣，東引島則歸入霞浦縣。
民國初年廢府，十四年廢道。民國十八年(1929)，南竿島又劃回連江縣所轄，其與北竿島同屬福建省連江縣第八區。民國二十五年(1936)，東引島併入連江縣範圍。國共分治後，民國三十九年(1950)，中華民國政府成立馬祖行政公署，轄有南竿、北竿、白肯、東湧、四霜、西洋、浮鷹、岱山等八區。(如下圖)其中南竿、北竿、白肯、東湧四區，即為今連江縣南竿島、北竿島、東、西莒島、東、西引島。
民國四十二年(1953)，國軍撤守四霜、西洋、浮鷹、岱山等區，將馬祖行政公署改制為閩東北行署，並分設連江縣、長樂縣。連江縣領有南竿島、北竿島，分設南竿鄉、北竿鄉。長樂縣轄有東、西莒島及東、西引島，西莒島設白肯鎮，東莒島設東肯鄉，東、西引島則設東湧鄉。(如下圖)
民國四十三年(1954)，東湧鄉改為羅源縣所轄。(如下圖)
民國四十四年(1955)，閩東北行署改為福建省第一區行政督察專員公署。民國四十五年(1956)，撤銷原有的福建省第一區行政督察專員公署及其所轄之長樂縣、羅源縣政府，兩縣原有轄區併入連江縣，白肯鎮、東肯鄉、東湧鄉並分別易名為西犬鄉、東犬鄉、東引鄉。(如下圖)
民國四十九年(1960)，西犬鄉和東犬鄉合併為白犬鄉，連江縣自此正式轄有四鄉。民國五十四年(1965)，國軍實施「北極演習」後，正式進駐今亮島，連江縣轄區所有領土完全底定，共計36座島嶼。民國六十年(1971)，白犬鄉更名為莒光鄉，連江縣轄境四鄉名：南竿鄉、北竿鄉、莒光鄉、東引鄉，也正式成形。(如下圖)
按：續修連江縣志《地理志》主撰楊雅心，高雄市文山高中地理老師，碩士論文〈馬祖地區地名的意涵--一個關於環境識覺的研究〉；地圖繪製：黃清琦，著作《臺灣輿圖暨解說圖研究》。