抗戰時，福建省政府遷治閩中永安，日本則在沿海島嶼扶持親日勢力，而軍事委員會調查統計局(軍統局)亦操縱抗日鋤奸活動，當時控制馬祖的海上強豪則依違其間，他們打著汪偽和平救國軍的旗號，大陸地區文史資料以其行徑與海匪無異，當時馬祖列島的政治局面可謂詭異。
民國26年七七抗戰爆發，當年8月31日馬祖澳海面就泊有日艦三艘，次日又增三艘，其中一艘空母艦載飛機六架，日艦並在馬祖澳扣下華籍輪船三艘洗劫， 至9月10日南竿和北竿即為日偽控制，福建省政府亦在民國27年遷到閩中永安，此後馬祖列島附近的福州、連江、川石等地，時而陷於日寇控制，時而光復，由於抗日游擊隊不定時的對日軍進行騷擾，在抗戰八年期間，日軍並未全面控制福建，亂局中的馬祖列島則長期為依附於日軍的海盜余宏清（余亞楻、阿楻、俞阿楻）、林義和張逸舟所盤踞。余、林、張大致是在亂局中看風駛船的投機者，三人皆掛著福建和平救國軍的旗幟，名義上是屬於汪偽政權，然受廈門興亞院的操控，但彼等同時也與軍統局等情報機構有所聯繫。
在軍統、日偽與海盜在馬祖共舞的荒亂歲月中，中國共產黨也曾到馬祖列島摻上一腳，有連江城關人吳大麟，其人在民國24年時係福建省農村合作委員會駐連江辦事處主任指導員，原來是國民黨員，但後來轉向共產黨，民國28年成為中共連江特別支部書記，後因虧空合作社公款被連江縣政府追緝，吳因而在民國28年底潛往馬祖夫人澳，並秘密在馬祖召開黨員代表會，同時組建中共連江中心黨支部，吳自任書記，民國29年2月10日，吳的行蹤為政府偵知，由國軍80師派部前往南竿緝捕，吳大麟中彈而亡，中共連江中心黨支部在南竿的活動亦隨之瓦解。
林義和乳名乞食仔利，約出生於民前3年（1909），依大陸《連江縣志》之記載，林義利「世居南竿塘西尾村，祖籍長樂縣。讀書不多，頗有膽識，性格豪爽，桀驁剽悍，重義氣，善交遊。成年後從事漁商。」 起初彼對日軍佔領馬祖之暴行深為痛恨，曾搶劫停泊於馬祖海面為日軍所攔截的商船，此後彼往返於福州、連江、長樂、平潭等地營商，並與一些海盜來往。
民國27年4月，有漢奸吳依恪（長樂梅花人）率海匪20餘人竄入北竿，槍殺竿塘聯保主任王宣猶，繼而橫行南北竿，並曾洗劫西尾林義和家，時保長翁成燦及鄉人陳郡利等攜眷逃往筱埕，聯名請求連江縣政府剿捕，縣長報省政府主席陳儀同意後，令第三區署（駐筱埕）區長丁美學召翁成燦、陳郡利等到區署商議，在翁等人的建議下，邀林義和組織敢死隊數十人潛回竿塘捉拿吳依恪，並將吳依恪就地正法，林義和因擒吳有功，被委為為連江縣政府探警，負責海上緝私。林義和回馬祖後，有一次因所查獲煙土為手下隊員侵吞，縣政府據報追查，林畏懼，乃糾集曹祥麟等10餘人闖入竿塘鄉公所，搶走警備隊槍支10多桿，從此亡命海上，大陸《連江縣志》云「林義和公開為匪後，對沿海影響甚大，隊伍迅速擴展，成為閩江口和馬祖澳一霸。除搶掠外，還公開向沿海漁民勒收『保護費』和稅費，收入甚巨。小股海盜多聞風向其靠攏或入夥」。
民國28年7月，福清籍海盜余宏清率眾四百餘人佔領平潭，遭國軍80師48團1個營的圍剿，余宏清不敵逃到白犬島，是年9月糾集1000多人，投靠日本廈門興亞院，余被任命為偽「福建和平救國軍第一集團軍」總司令，林義和則被余委為第一路軍司令，余的勢力因而伸入南北竿，其後余的司令部由白犬遷往南竿，白犬則由余宏清部下林震駐守，林震招兵買馬，人數也有數百人，除佔山為王，並勒索漁稅，至民國29年2月間，連江縣筱埕守軍進襲南竿，余宏清因身受重傷而亡，偽總司令由余部下王福民接替。 民國29年11月間，國軍第25集團軍75師223團第7連連長李庭萱曾率兵一排，加上連江保安隊30條乘船在南竿登陸，擊斃敵偽60餘人。
設在馬港翁家巨宅的「福建和平救國軍第一集團軍」總司令部，後馬祖日報曾設址在此，現已倒塌。
余宏清死後，踞守白犬的林震和南竿的林義和兩人因利益分配而時有磨擦，事為在南日島一帶活動的海盜張逸舟偵知。張逸舟為仙遊人，最早活動於廈門外海的浯嶼，並與日本興亞院廈門聯絡部聯繫，民國30年2月曾據守平潭時被國軍75師所敗而逃走，其後所部遷往南日島，被封為偽「福建和平救國軍第二集團軍」。然張逸舟也與軍統局閩南站有所聯絡，軍統局閩北站主任王調勳即派遣鄭德民、林滄圃等人滲入張逸舟部籌謀策反，當張逸舟獲悉林震與林義和不和之事，乃遣與林震有同鄉之誼的林滄圃前往白犬島，勸誘林震歸屬張部，獲林震同意，張逸舟乃於民國30年4月，將其總部由南日島遷往白犬，形成張逸舟在白犬，林義和在南竿塘的局面，雙方各擁部眾二、三千，同時張逸舟亦擔任敵偽福建省主席。
金門籍的李仕德，其夫人曹瑞芳為西莒人，兩人現旅居新北市。李仕德台大歷史系畢業、中國文化大學史學博士，現任中國文化大學史學系副教授。曾任金門文獻委員會委員、96《金門縣志續修》總編纂。著作：《英國與中國的外交關係，1929-1937》、《十七世紀的海上金門》、《追尋明清時期的海上馬祖》。
林義和遭誘殺 張逸舟稱霸閩北海域
民國30年8月初，林義和透過竿塘鄉長翁成燦等人告知連江縣，謂渠有意向政府投誠，時連江縣長謝真請示省政府主席陳儀後，電復應慎重考慮為要，林義和在回復政府調查時謂：「現有人槍三千左右，除步槍及手槍外，有輕機槍二十二挺、迫擊炮二尊、山炮一尊，大小汽船二十二艘，分駐南北竿塘、崳山、琅岐、壺江等處，維持漁民安全。因處敵海軍勢力範圍之內，故接受和平救國軍第二〔一〕集團軍第一路軍番號，並與廈門興亞院取得聯絡．．．目前純以維護海島漁民安全為職志，絕非甘心附敵賣國殃民，請求政府予以諒解」。
民國30年9月28日，連江縣長謝真在筱埕海潮寺與林義和會晤，謝查詢林部實力及其所持立場，雙方商談六項主要內容為：一、駐地方面：要求林部退出琅岐、壺江，林則認為敵人不放棄川石，實為封鎖閩江海口，目前敵雖利用渠為前哨，駐守琅岐、壺江負責封鎖，但渠仍極力掩護漁船進出，保持閩江交通，倘必要退出，渠當照辦等；二、軍事方面：要求林部負責探取敵方軍事行動及其他海上部隊動態之情報，以及維持沿海治安，一切行動均須事先報請政府核准；三、政治方面：要求林部協助政府肅清煙毒，對政府一切政治措施絕對擁護；四、經濟方面：要林部保衛漁民捕漁，維護海上運輸；五、聯絡方面：雙方各派一人互駐為聯絡員，隨時傳達意見及消息，並在筱埕設無線電臺轉遞重要情報；六、林還表示願捐款獻機， 唯最後並無結果。
福建軍政當局欲策反林義和時，其事為張逸舟探知，張乃向廈門興亞院密告林義和與政府接洽，民國31年4月初，林義和被召至興亞院廈門聯絡部詢問，林謂因久無接濟，餉械兩缺，不得已與中央軍接觸掩護，只為生存，實非真意等語。廈門日軍對林義和軟硬兼施，4月10日，日軍派艦送林義和回南竿，並派8名特工監視，而張逸舟則乘機向日軍詆譭林義和，到9月6日，張逸舟在日艦掩護下，直搗南竿林義和總部，林義和被誘上日艦後，交張逸舟處置，31年9月8日午夜，時年34歲的林義和被推入海中溺斃，林之部眾被抓獲著1800名、槍646枝，餘眾多被張逸舟吞併，張逸舟於是控制了全部福建和平救國軍，人數擴張到5000多人，張並且把總部遷到南竿，稱霸閩北海域。
張逸舟進據南竿後鳩工庀材，大興土木，大有久居之打算，張「在觀音澳（南竿塘避風澳之一）新建或改建洋房或平房十多幢，計有總司令部、第一、二指揮部、逸廬（張逸舟的私人住宅）、職員宿舍、新華公司、招待所和兵營等等；又開避廣埸，建築戲臺，擴建電燈廠。並在馬祖澳重修馬〔媽〕祖祠。此外，他還大力擴充船隻，最盛時期有四百多噸的鐵殼輪船一艘，三百噸的木殼日本舊漁船三艘，內河大小輪船數艘，其他如小汽艇、機帆船和大小運輸帆船不少．．．當時張部的隊伍已經擴充到五千多人槍，建立起整個閩海的『海上王朝』。」 而南竿亦因此成為商旅雲集之地，許多福建出口貨物，多經由南竿塘轉運，其中以茶葉、木材、紙、筍乾、水果為大宗，浙江、上海、廈門來貨則以藥品、紗布、棉花等為大宗，以及一些日用工業品，張部在南竿設立新華公司，大肆從事投機買賣，控制福建海上貿易，他們不僅對行商課稅，而且把來貨由新華公司直接收購，或換回頭貨，獲利特厚，張逸舟並企圖藉此擴軍。
張逸舟稱霸閩海後，軍統局派鄭德民、林滄圃、張馳等人混入張部，三人後來並與張逸舟結為拜把兄弟，然而張逸舟仍是依違於軍統局和日偽之間，據張馳自述，戴笠成立「閩海軍運直屬組」，以張馳為組長，由軍統局直接掌握這一線的海上工作。 而戴笠之所以看重張部，是因為張部所駐的南竿塘被認為是可以乘間進入各淪陷區的管道。1943年3月軍統局假造了大量汪偽政權發行的儲備券，戴笠約張馳往晤，戴要張馳轉告張逸舟，設法將這些偽造的儲備卷先運到南竿，再轉運到各淪陷區去用，後為日軍偵知，日軍乘三艘炮艇開抵南竿，在南竿周圍海面，分三處停泊，然後日偽軍警百餘人在南竿塘夫人澳登陸，荷槍實彈，嚴刑逼供，唯因張部事先滅跡，張逸舟逃過一劫，在「重修媽祖島天后宮記」碑記上寫有捐五千元的台灣人梁廷清，即是廈門日軍派到南竿充當張的顧問，同時監視張逸舟。張逸舟總部所在的南竿塘，軍統、日偽、漢奸經常往來其間，一時間諜影幢幢。
民國34年5月，日軍從福州撤退，軍統局密令張逸舟率部攔截，張截獲敵船十餘艘和船上所裝載的軍火物資，於是張部由偽軍搖身一變成為「國民政府軍事委員會福建先遣軍」，張逸舟一變而成為「福建先遣軍司令」，然而張逸舟似乎賊性不改，大陸《連江縣志•大事記》謂民國35年1月15日，「海匪張逸舟部在馬祖海面大肆搶劫，被搶漁產品值300萬元，漁民被害3人。」 其後張部移駐霞浦，並交第三戰區司令長官公署接收，改編為獨立團，仍以張逸舟為團長，不久因士兵逃亡、改編和遣散，張逸舟海盜部隊才告消失。 而張逸舟本人在大陸易手後輾轉由香港來到台灣，其得以入境台灣應是在民國40年，由斯時任國大代表的福清人林紫貴代辦入境證而來，其後張逸舟殆被認為是匪諜，林紫貴因而以偽造文書被判有期徒刑一年六個月，後來張逸舟被國防部裁定交由保密局感訓二年，及民國42國防部同意林逸舟由林滄圃等負責保釋運用察看，料想張逸舟的匪諜情節應是不嚴重，否則以當時風聲鶴唳的情況，恐怕不是感訓了事。
張逸舟的「福建先遣軍」被調往霞浦後，軍事委員會派「南竿先遣軍」接防，南竿先遣軍前身為駐在廣東汕頭的敵偽「華南綏靖軍」改編，由第三戰區司令官派少將陸劍剛在南竿設立司40令部整訓，先遣軍司令則為福清翁尚功，翁另在福州地區招兵買馬，並集中在南竿訓練，兵分三團，第一團團長為翁振建，總人數約2000人，由翁振建部駐南北竿，第二團林彼得駐守白犬，民國35年2月成立第三團和第四團，林蔭任第四團團長，駐福清、平潭一帶。
時翁部要自籌糧餉，除供應官佐伙食，每人分配兩套服裝、一條軍毯、一雙皮鞋，唯後來加入者有糧無餉，有關係者可先借支，而一般人則在等待國民政改編，是以無薪餉也無所謂。因無薪餉，翁在南竿地區自行抽稅，抽稅之事由上校秘書葉菁主持，葉在張逸舟時期曾任南竿塘鄉長，此時南竿塘鄉長則是林群，除了漁民要納稅，當時北竿盛產蝦皮，運到內地亦需向翁部納稅，翁部在南竿設有關卡，從閩江口出來之貨物亦要向關卡納稅後始獲放行，而東引和白犬則是翁部胡亂勒餉打劫。
翁尚功稍後在王調勳引薦下，與福建省主席劉建緒和福建保安副司令嚴澤元會晤，嚴令翁將部隊開赴連江待命，翁調任省政府參議，翁部被收編為福建省保安特務第一大隊，由保安司令部派員接受，翁之司令部及其他官佐則裁遺，結束南竿先遣軍。 至是馬祖列島的海匪和敵偽軍隊，才隨著抗戰勝利而瓦解土崩。
