本縣位處閩江口，與大陸對岸一水之隔，兩岸互動頻繁，交流密切，「競合關係」顯見，兩岸一日生活圈，船行航程25分鐘，對岸連江縣60萬的長住人口及豐富的自然資源，是我們可以將海洋教育事業無限延伸的發展平台。
馬祖天然資源豐富，環境條件特殊，發展海洋教育，引領兩岸發展，以國家海洋科技發展的戰略高度位置考量，海大馬祖校區可以成為兩岸海洋教育人才培育的重要基地。
海洋大學學生的參與，注入馬祖觀光新活力 (民宿、餐廳、解說)，促進馬祖觀光發展。海洋研究中心，持續藍眼淚與生態研究，夜光蟲大量繁殖關鍵技術，淡菜育苗養殖與行銷，紅點石斑育成，龍蝦復育與種苗培育，裙帶菜復育養殖行銷等相關特色養殖產業研發與學理支持，建置水產品標章制度，發展海洋產業為觀光發展之馬祖特色，增進特色產業發展。
海大馬祖校區學生融入生活、在地學習，發揮大學對地方的影響力，融合學生與居民的感情，增進地方生氣與活力，包含大坂里計畫、大學社會責任實踐計畫，海大校區連結在地能量，學生展現創意與活力與北竿鄉公所共同推動多項活動，例如：大坵暗空之夜、馬祖北竿夏涼季、馬Ｕ音樂祭。激勵馬祖青年返鄉創業，提升馬祖地方創生能量。
海大馬祖校區更是馬祖重要的國際人才培育搖籃，國際藝術島之生力軍。建構國際觀，培育外語人才導覽解說，提升馬祖的能見度，扮演未來兩岸發展，學術交流、產業交流的重要橋梁，促進馬祖與福建沿海城市的廣泛連結。
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