早在民國四十年代初，國防部核准租用復興航空水上飛機行駛馬祖，每週有定時班機一次，不定時若干次，能搭上飛機者皆不收費。
民國四十五年，馬祖守備區曾建議於山隴興建陸上輕便飛機場，當時預估連同徵地費約三百八十七萬餘元，可惜未獲上級核准。
直到民國四十七年十月，一架藍天鵝飛機在馬祖失事，時任馬祖守備區兼指揮官陸軍中將何俊將軍，鑑於金門八二三砲戰時期，空中運補適應海峽戰備需要，即可運輸兵力，後送傷患，亦可運載武器彈藥，亟需迅建臨時降落場乙座，於是會同高層部屬，就南竿勘查適宜位置，覓得二處，即馬祖澳和梅石機場二地，就其安全、土質、工程、風向等利弊分析研究，認為這二處：
土地方面：馬祖澳機場公有土地多，而梅石機場民有地佔三分之二。
安全方面：馬祖澳較隱匿、梅石較暴露。雙方皆為南、北向，符合恆風，唯梅石方面土質較佳，於是將勘查結果報請上級裁決。
這年十二月二日，國防部總政治部蔣主任訪問馬祖和東引等地，視察部隊士氣、垂詢戰備狀況，何指揮官藉機建議「空運盼恢復」。空運自藍天鵝飛機失事後已停航兩月，對交通士氣方面均有影響，其顯著者諸如郵件及新聞紙往返費時，官兵普遍不滿，而物資運輸受天候及船期影響，常受困擾，加以緊急治療之傷患，不能適時後運，而一旦海上遭受封鎖，官兵在心裡上遭受威脅更大。
指揮官建議，若以目前物價，蓋個簡易機場，不超過五百萬元，遠較一架藍天鵝失事之價值為低，縱使平時保養管理增加一部份人員及經費，然依金門八二三砲戰經驗，士氣及補給方面，仍具有高價值，該部再請求中央給予修建。
民國四十八年二月，空軍總司令部派中校參謀、少校工程官隨同測量士會同陸總部人員前來馬祖勘測機場。他們就當地一般狀況，諸如：位置、地勢、氣候(由氣象聯隊提供整年各月平均氣溫，絕對最低和最高溫、降雨量、風向、最大風速、有霧日數、降水日數、密雲、裂雲、疏雲、碧空日數、暴風日數)、水、陸路交通、土壤、當地可用之工材、人力分析，並會勘了牛角嶺、馬祖、牛角、清水四處位置，就其可供跑道長度、方向、恆風向，做優缺點分析，經檢討結果，以牛角嶺(即107高地)優點較多，地形隱蔽，符合恆風向，土地多公產，勉可興建一前進機場，他們一致認為石料可就地爆破，岩石碾碎，砂料可採自清水灘，而工程用水，大量取用海水，工作人員飲料可用山泉，一切工程均須用兵力完成，當地無可用之民力。
該項牛角嶺機場(含土方挖填、塔台、營舍、儲存、給水及有關設施)工程，概略估計約一千萬元(工程油料不計)，需要三個部隊作業完全之工兵(時當地僅有工兵二營)裝備營，工作日要一年。
民國四十八年四月，新任馬祖守備區指揮部指揮官田樹樟(中將)，鑑於該區戰時緊急後送之戰備需要，牛角嶺機場已經由航空顧問，工兵顧問勘定，並經空軍總部同意，初步可依L-23輕航機場，以後再延長至一千一百公尺、寬一百公尺可供C-47運輸機使用，其測量及工程設計圖也繕製完竣，而土壤探測，因限於設備，僅入地十二公尺，未發現有系統之石山脈，將來施工石方不及百分之二十。
五月三日至六日，國防部俞大維部長邀美軍援顧問團團長赴馬祖參謀訪問，當地馬祖美軍顧問陸軍組長包凱准將建議馬祖建築簡易機場，供D-19、L-20、L-23、C-47等型機使用，美軍顧問組認為馬祖國軍目前對當面共軍兩棲部隊狀況，不能獲得正確之判斷，而輕航機縱使在雲霧之天候乃可用以觀察馬祖附近海面狀況，一旦發生戰事，空中觀測至關重要，此一問題經俞大維部長、彭孟緝總司令及田樹樟指揮官討論，且一致贊同。
美軍顧問組航空顧問威爾遜少校也赴各島，研究輕航空機停泊離島之可行性，認為北竿和東犬島為佳。
而建築機場之最大問題，實為如何取得有孔鋼蓆，每一跑道寬二百五十英尺，有五十英尺須舖敷機場蓆，北竿和東犬機場有孔鋼蓆，由當時空軍台南機場尚有存貨，另外美駐台海軍輔助通信中心(曾支援金防部)仍有大量鋼蓆儲存於基隆倉庫，可轉撥馬祖使用。
國防部擬第一優先修建北竿島上簡易機場，第二優先在東犬島修築，而這兩機場未完成前不修建南竿島簡易機場。
該年六月，國防部令空總先將北竿L-23機場及東犬L-19機場之工程計劃報部憑辦。
七月二十一日國防部又令空總會同陸總派員前來馬祖實地勘測，就馬祖區南、北竿、東犬、西犬、高登等五島興建直昇機場及掘開式掩體一處之可行性，場地應選擇背大陸方向，易隱匿的地區，並靠近醫院傷患收容所，請兩部設計並擬定工程計畫。
民國四十八年十二月十五日，空軍總司令部派上尉製圖官等二員，前來馬祖測量直昇機場。經兩部會同當地駐軍主管勘選地點：南竿選定鐵板、清水、馬祖中學(今介壽國中)操場三處，而其他各島都沒問題，以上計畫預算為一百一十八萬元。
四十九年四月三十日，國防部令駐防馬祖的陸軍8201部隊，以北竿機場可利用陸軍L-19機飛至南竿、東犬、西犬、高登等島直昇機場，由馬祖先就選定位置整平應用，次年再行計畫辦理。
軍用機場的籌建幾經波折，直到五月底，北竿機場即將完竣，又面臨由何單位管理，決定成立馬祖空軍基勤分隊，綜理基地勤務、無線電通信、航管、氣象及醫療業務，八月機場啟用，可供L-19機起落，國防部和馬指部又策劃南竿機場之建構，以牛角嶺東麓為腹案，即刻擬訂計畫，圖說及預算以第一期完成L-19機使用跑道，第二期完成L-23機場跑道，第三期完成C-47機之跑道。
在這次計畫裡，除逐步擴建，更按美軍規範設計，包含跑道、滑行道、機堡及簡易排水設備，導航塔等，概估工程費八百萬元，三個月工作天，施工部隊預計一個戰鬥工兵營及一個重裝備連(二軍團調派501重裝備連待命)，為了南竿機場計畫，又將東犬機場款七十三萬奉轉南竿機場使用，同時訂製鋁蓬十四棟，並預購汽油壹萬加侖。上級先籌撥預算五百五十八萬餘元(分四期提撥)， 餘再由次年度戰臨費內分期籌撥。但每年戰臨費用也有限，時經濟部楊繼曾部長及交通部長沈怡視察馬祖外島，馬指部以發展台馬間交通事業立場，請交通部平均負擔南竿機場工程費，事後交通部函復，略以馬祖係軍事區域，不論由何方負擔，均係國庫支出，請貴部向行政院請撥專款。而當時國防部副部長也曾指示，似可報請新竹機場節省之徵地費，用以建築馬祖C-47機場(C-47運輸機，可空投物質及傘兵，又稱作空中火車)，經會主計長辦公室答覆仍無法支援馬祖機場費用，也造成本工程籌辦期間停頓。
一頁軍用機場前置籌建過程何其艱辛，人力、物力、經費、部會協調，當北竿塘岐與后澳間的軍用輕航機場完竣，軍方小型偵察機進駐，每日偵察機巡弋馬祖空堿，對馬祖之捍衛，也起了很大的作用，甚至到後來民航局接手斥資整建，八十三年元月十七日使用，從大道機場到今日的北竿機場，走過一段馬祖空運歲月。
南竿機場亦同，軍方建造完竣，使用率也沒多久，八十一年戰地政務終止，為解決各島空中交通問題，因應台馬來往人士繁多，乃委託中華顧問工程公司提規劃報告及環境評估，開放南、北竿機場供民航客機使用之呼聲，才促使馬祖始有今日機場之規模。