次日，海道副使韓仲雍出海瞭解該倭船真相，沈有容參將(明朝官制，位階約今中高級軍官)令各寨遊，加強防範倭船，不許他們進港近岸與奸民來往。並親領總哨徐亮等坐駕烏唬船3艘直駛黃岐，瞭解倭船，虛實知該倭船係送回去年被擄去的把總董伯起。
倭人頭目明石道友隨同董伯起及通事高子美，不佩番刀，過船叩謁沈有容將軍。沈將軍見倭首不佩刀，乃取一把長倭刀給他佩帶，明石道友感激不盡。
倭首自稱是日本國長崎島肥前州的差官，帶領頭目3人，通事高子美及倭眾74人，還有被擄董伯起等，4月由日本長崎(肥前州)駛至浙江海域，才由台山游兵船護送至連江小埕水寨附近，為守軍阻於黃岐。駕船來是送回董伯起，並無其他不法情事，只盼能互通往來，爾後有機會做些通商貿易之事等。
沈有容將軍看倭船窄小，行止艱難，隨即請明石道友和通事高子美等5人，帶回連江定海小埕水寨譯審。並督令哨兵將倭船倭眾嚴加約束防範，不許登岸眺望；也嚴禁漁船私下接近。
沈有容召明石道友審訊問及因何侵擾雞籠、淡水等，明石一一作答，並稱此次送董伯起歸國，別無他意，經審訊後，沈有容助倭船修葺，水師盡力協助，並賞給布絲，豐盛酒菜款待，另賜民船一隻，頒一布旗，旗上寫著「福建發回日本」，令其懸掛船桅上，俟風向順利，再帶倭船送出台山列島界外，還酌給柴米及一些資金，讓其回航，這是沈有容「小埕撫倭」仁德的一面。
就在明石道友尚未離開小埕水寨之際，日本國倭首叫桃煙門(漢名「桃煙門」，日文原名是「明石看右衛門」)者又率領3艘戰船及眾倭百餘人，於4月13日，進犯浙江海面，擄掠浙江兵船，殺害浙兵18人，並擄去捕盜余千及兵目10名，後強擄大船1隻，擄去漁民鄭居等20餘人，並將漁船3艘編入船隊，歷浙江海域韭山、牛欄磯、南麂諸島，再入犯福建境內，然後駛進白犬洋的東沙(今東莒)島。不料1艘倭船觸礁擱淺，導致木造船身破損，在這種情形下，他們遂將器械、衣糧都搬到東沙島山上，安頓搭寮，準備邊修船邊奪船，豎旗招船，待機而歸。
原本沿海漁民出海捕魚，以此為避風躲浪的東沙海島，頓成了賊巢，沿海居民聽聞倭人來侵，又是風聲鶴唳，議論紛紛。不是不久前沈有容將軍剛在黃岐澳收服一批倭寇，怎麼又來了一批？還聽說這次來的倭寇劫掠浙江沿海，殺了浙江水師，還擄了百姓上船。
這批盤據東沙島的倭人，正是日本國長崎藩主村山等安的船隊。因去年出航13艘都沒回國，於是再派他們出海協尋。桃煙門與先前降服的明石道友都是村山等安的家臣，只是出海時間不同，桃煙門是因村山等安次子秋安掛帥出征未歸，所以遣其出海尋找秋安的下落。但桃煙門不擅長航海，所率船隊又是臨時受命出征，倉促成軍，並無有經驗的航海者領航，竟闖進了大明國的海疆，且因沿途躭擱，船上水及食物不足，索性找海村登岸，燒殺擄掠一番，讓久未登岸的兵士盡享「野味」，來鼓舞士氣，大振軍心一番。
兼管福寧海事的布政使黃琮，先令福寧道標兵把總何廷亮(又謂何承亮)巡行海上，5月11日官哨果於白犬洋瞭得倭寇一夥潛伏在東沙島，並伺機蠢動，乃上報。
福建巡撫黃承玄令巡海道韓仲雍，兵備道卜履吉，及各寨、遊聽命沈有容將軍指揮。參將沈有容準備率北、中、南三路水師及伍行館前往圍剿，合勢仰攻。
5月12日晨，由大陸連江定海水寨出發，直航東沙島(東莒)，因當日風浪大，各路援兵會師，二日後才抵東沙灘頭。因海岸風大礁石多，圍困太久恐傷舟船，於是在倭船泊地海邊仰起佛郎機砲銃，開始轟隆轟隆的向島上倭巢發砲。倭人寮舍遭焚毀，有些逃回岸邊，想乘原船逃命離去，無奈這些倭船只是當時臨時拼揍的搜救船隊，也只配一、二門威力老舊的火砲而已，怎敵得過沈將軍的水師船隊，也只好再逃回島上窩藏，見機行事。
沈將軍此時訓令將士們，火砲瞄準岸邊倭船，下令：「給我轟沉！」，水師船瞬間火砲齊發，擊沉了倭船，倭溺死者眾，擄斬二級，餘眾困守島上，讓他們無後路可逃。
沈將軍想：盤據東沙島的倭人，可能於先前載董伯起回小埕的明石道友一夥，或許有關聯，即使不同夥也都是倭國人，沈將軍想起「用兵之道，攻心為上，攻城次之」，如何不費一兵一卒使其歸順，才是上策，於是一面派船返回黃岐澳，請還留在小埕寨軍營修船且候風的明石道友找來勸降。另一面沈將軍先派遣與董伯起一同被送歸慣通倭語的王居華，划著小船登岸，上山去與倭人交涉，勸服他們受降，並告知明石道友已經受撫的事。
倭首桃煙門佇立東沙島的高處，觀看海岸情勢，但見自已的海船盡沉大海，知大勢已去。勸降的通譯登上東沙島，就被幾個倭兵押往面見桃煙門。
通譯王居華見過桃煙門，轉告了大明國參將沈有容諭示：告知明石道友已經受撫，我大明天子乃禮儀之邦，貴國屢犯我海疆，燒殺擄掠，造成我方海民家破人亡，現今你們已被困在島上，已無退路，自動受降或有生路一條，若負隅頑抗，終將葬身此島。
桃煙門聽說明石道友已降，這是怎麼一回事？主帥秋安又如何了？也被俘了嗎？還是遠征高砂國(指台灣)的戰艦出了意外？種種疑惑擁上桃煙門的心頭，心想自已的船隊也盡沉海底，率夥宣戰必是死路一條，於是就對通譯王居華說：「你說明石道友已降，我真不知真假，除非我能親眼見到他，或看到他的書信，瞭解內情後再說。」
通譯王居華駕小船回到沈參將帥船，將此一切稟告。而此時沈將軍所派返回黃岐澳去提帶明石道友的快船，正好也於是晚返回東沙島，回到沈參將帥船邊，隨即明石道友登上了帥船後，進入沈將軍船艙，見過沈將軍。明石道友不知因何忽忙帶他來此，沈將軍將盤據在東沙島的倭人一事告之，請他去勸降。而白天上岸的通譯王居華也將島上的情形，及其首領桃煙門要親眼見到他才肯降，一一說出。
明石道友一聽島上的倭首叫桃煙門，乍感震驚，此人與他同為村山等安的家臣，他認得該員不擅航海，因何出海？騷擾大明帝國沿海又是怎麼一回事？對明石道友來說更是一團霧水。
於是明石道友對沈將軍說：「桃煙門是我認識的人，我為他侵犯貴國海疆感到不恥，我願去勸降他，若他不從，必將當場拔劍宰掉他，提回他的頭顱向將軍謝罪。」
15日晨，明石道友在幾名水師的護送下，搭上小船，划向岸邊，去勸說島上的倭首桃煙門。
倭人與倭人相見，千言萬語，有訴不盡的話題，時而相互指責，拔刀相向，時而細訴原委，疼惜現在，攀談好幾個時辰，最後桃煙門跟隨明石道友往岸邊走去，登上小船，來到參將沈有容帥船，桃煙門見大明水師官兵，各個身材魁武高大，身著鎧甲鐵衣，頭戴鐵盔，這個陣容已把他嚇得腿軟，渾身顫抖不已。
經過冗長審問，倭人編了很多故事，都把責任推到雞籠山，大明國所稱的「東番島」，說在笨港一地的海盜劫持他們，並唆使他們騷擾貴國海疆。
16日黎明，圍島的船隊號角響起，各大船放下小船，划向東沙島礁石，桃煙門遵照沈有容將軍令，領著67個倭人及華民2名，全部投戈束刀銃後登舟，並救出先前被倭所擄的沿海漁民22名，沈將軍總旗標下所部解獻生倭人12名，餘將這些倭人分給各衛指揮千戶，其中巡福寧道標下所部解獻生倭22名，水標所部押解生倭大頭目3名(含頭目桃煙門、託音門、乾煙門3名，「煙門」可能是「右衛門」的日音)、眾倭30名，另充當倭船火長和柁工的華民2名給予斬首(一名張表，倭名「安福安」，原泉州人，投倭充為火長，另一名王應龍，倭名「雙在門」，原漳州人，投倭充當柁工者)，還繳獲盔甲、刀銃、倭器及救回被擄漁民22人。
東沙島此役，生縛之功，沈有容將軍所率水師軍，不損舟，不費糧，不傷一兵一卒，消息傳開，沈有容功績再添一椿。時罷官閒賦在家的御史董應舉，他為沈有容東沙擒倭，在東莒老頭山摩崖刻石紀功云：「萬曆彊梧，大荒落地，臘後挾日，宣州沈君有容，獲生倭69名於東沙之山，不傷一卒。閩人董應舉題此。」
