民國39年改隸台灣防衛司令部。
民國41年劃歸金門防衛司令部，同時改隸國防部指揮。
民國54年再改編為「馬祖防衛司令部」，最高司令官為中將，副司令官2至3人為少將。
民國58年防衛部改由軍司令部兼。
民國68年「崑崙案」，軍司令部番號取消，正式專設「馬祖防衛司令部」。
民國95年3月修正國防部組織法，更銜為「馬祖防衛指揮部」。
沿革(部隊遞嬗)
一、民國54年9月1日，馬祖守備區指揮部奉陸軍總部正式更名為「馬祖防衛司令部」，並增編政六科。司令部下轄南竿東守備區、南竿西守備區、東引守備區、北高守備區、莒光守備區，亮島守備區、砲兵指揮部，後勤指揮部、港口指揮部。
馬祖防衛司令部首任司令官為陸軍中將雷開瑄，副司令官王廣法（察哈爾陽平人）少將，副司令官程立佐少將（江蘇鹽城人，東引反共救國軍指揮官兼），副司令官梁鳳彩少將（河南新野人）兼任第19師師長。
二、民國54年10月19日，陸軍第19師（師長黎柏森、湖南臨湘縣人）調駐馬祖接替陸軍68師防務。為充實員額，調26師進駐本區，增強砲指部、後指部、勤務連及憲兵排。
三、民國56年4月14日、陸軍第10師（師長苟雲森）調駐防區接替北高守備區守備。(苟師長於5月6日調第二中心指揮官)
四、民國57年11月29日第10師駐防期滿，奉調返台，防務由步兵第51師接替。
五、民國58年8月8日，軍長李定到職。15日「奔馬演習」，該軍由台中轉進，計有軍司令部、軍部連、憲兵營、砲指部及本部連。次日抵馬接替防務，同年改由軍司令部兼防衛部。
六、民國59年1月8日，93師先遣部隊進駐防區，2月15日第二梯隊來馬。同日，26師78旅返台。4月6日「昆陽二號演習」、砲兵611營進駐西莒，613營返台。
七、民國60年5月27日，陸軍第9軍奉陸總部令實施「華光演習」，進駐馬祖，於6月27日12時接替馬祖防衛指揮權。至此，防衛司令部由軍司令部兼(司令官即軍長兼)，司令官為苟雲森，副司令官梁鳳彩、陳始升，當時直屬部隊有：砲兵指揮部、後指部、工兵群、搜索團、通信營、憲兵營、兩棲連、軍部連、衛生連。而隸屬軍部指揮的單位有：
1.南竿守備區：61年6月17日，由第68師接替93師。
2.北高守備區：60年12月20日，由第9師接替第46師，該師師長為劉迪忠少將。
3.莒光守備區：61年6月17日，68師203旅接替第93師27旅。
61年12月荀雲森中將建請本部防砲90彈庫24座工事地下化，獲參謀總長賴名湯上將允諾，按計畫施工。
八、民國62年8月28日，第3軍奉陸總部令實施「泰山演習」，進駐馬祖，於11月14日，接替馬祖防務及司令部指揮權。軍長夏超兼司令官(夏司令官於62.02.16調任第9軍兼馬防部司令，同年秋第3、9兩軍輪調，將軍奉命續接掌本軍，繼續留守馬祖)，同時設政治作戰部和參謀長室，政治作戰部下設政一科至政四科。參謀長室下設第一、二、三處，預財組（主計組）和軍法組。配屬單位有南竿守備隊、北高守備隊、東引守備隊、莒光守備隊、兩棲連、軍部連、憲兵營、通信營、軍砲兵指揮部（642營、635營、617營、608營、探照燈連、高砲連、觀測連、兼本部連）、汽車連（輕裝備連、戰鬥工兵營）。後勤支援指揮部下設指揮官室和政戰部，配屬有通信組、行政組、計畫組、修護保養組、勤務設施組、補給組（經理補給連）、福利中心、軍犬隊、船舶連、彈藥連、862醫院、兵工連、工保連、輕航空分遣連。另專設海、空軍上校副參謀長等編制。
九、民國64年12月7日，20軍奉陸總部令實施「江都演習」，進駐馬祖、於65年2月19日接替馬祖防衛司令部指揮權。
十、民國67年3月24日，第21軍（該軍於65年1月改稱為第4軍，8月再改為21軍）奉陸總部令，實施「泰安演習」進駐馬祖，於5月4日接替馬祖防衛司令指揮權。此時駐紮馬祖的配屬部隊有：陸軍兩棲第101營第三連（配屬）、第八工指部第501工兵營（暫編）、後指部（配屬）、步兵193師、軍部連、砲兵指揮部、防砲第四團、海指部、502工兵營，781通信營、237憲兵營，而249師配屬莒光地區指揮部。
十一、民國68年7月，第21軍改為長期駐防馬祖，與馬祖防衛司令部合為一體，生死榮辱與共，司令官改為個人輪調，後因崑崙案，取銷軍部番號，專設「馬祖防衛司令部」，其隊名為「雲台部隊」。
十二、為貫徹精兵政策，民國72年8月，「陸鵬三號演習」，莒光師改為莒光指揮部，採單位輪調。10月奉命實施「陸精四號」案，北高師於11月12日以原番號改編為外島步兵師。莒光、南竿守備區於73年4月16日完成整編及兵力部署調整。
十三、民國80年4月1日，在國軍精兵政策下，依「陸精七號案」裁編併政策如下：
1.南竿守備區計裁撤馬祖防衛部第四處，193師戰車搜索連及工兵營工二、三連。
2.北高守備區裁併193師司令部及師部連、幹訓班，由防衛部編成「北高指揮部」，擔任北高地區作戰及行政指揮。
3.通信營裁減為通信連，工兵營裁減為工兵連，化兵連裁為化兵排，衛生連改編為北高野戰醫院，幹訓班移編防衛部，而工兵連、通信連、勤務連、運輸排、北高醫院則併編為支援營，隸屬後指部。
十四、民國88年3月，陸軍精實案後，外島改守備旅，以輕裝步兵為主，砲兵為輔，配合戍守地區地形，進行防衛作戰，確保防區。
十五、民國95年3月，「馬祖防衛司令部」更銜為「馬祖防衛指揮部」，隸屬於國防部陸軍司令部，駐地在縣境南竿，雲台山是最高指揮中心，乃稱雲台部隊，唯組織縮編，轄本部連、砲兵群、步兵營、通資連，另在北竿島設陸軍北高地區指揮部，即「擎天部隊」。莒光列島設陸軍莒光地區指揮部，即「莒光部隊」。東引島設陸軍東引地區指揮部，即「忠義部隊」。
馬祖防衛部指揮系統表(民國54年5月)
歷任司令官
第一任司令官雷開瑄（54.07.01∼58.08.11）
陸軍中將兼司令官，四川閬中縣人。民國5年7月15日生，軍校十一期砲科。任內興建雲台閣、社教館、陽明圖書館、北竿中正堂電影院、東莒懷古亭、升格馬中為高級部，推展「馬祖精神」及「誠實」、「禮貌」、「整潔」三大運動，並編成歌曲，教唱軍民。尤其，南竿仁愛村的「北海坑道」開鑿工程，更成了今日的軍事觀光景點。
第二任軍長兼司令官李定（58.08.12∼60.07.10）
湖南永興人，民國3年9月5日生，軍校十一期。 駐防馬祖期間興建馬港大樓、中正國中、育幼院、梅石蔣公銅像、天主堂、志清發電廠、山隴介壽堂、擴建酒廠於復興嶺、中正堂電影院、介壽村店鋪公寓、擴建防空掩體、代訓駕訓班、成立飲料廠、漁業運銷合作社、編印「馬祖戰歌」、「馬祖戰鬥文藝」、訂定「親民日」，親自接見民眾聽取意見，並擴大軍民聯合運動會等。
第三任軍長兼司令官苟雲森（60.07.11∼62.02.15）
四川閬中人，民國9年8月10日生，中央軍校廣州分校十五期步科。調長第九軍兼本區司令官，強化戰備、經營戰場、確立長期固守、全面總體防禦之方針、並推行戰地政務、成立電信局、馬祖發電廠、籌編縣誌、興建東莒中正堂電影院、改善交通船、雲臺輪首航、拓寬南、北竿道路、繁榮地方。
第四任軍長兼司令官夏超（62.02.16∼64.03.31）
湖南常德人，民國7年7月19日生，中央軍校高教班十一期。任內興建歷史文物館、蒐集地區文物、改善通信設備、山隴、清水防波堤工程、製氫廠、油池坑道、籌建北竿發電廠、馬祖公車處營運、成立電力公司、飼料加工廠、花崗石開採、亮島給水系統。並親撰「確保馬祖十大勝利保證：信心夠、戰志堅、訓練好、工事強、地形險、面積小、火力大、軍品足、警覺高和戰備周」。並訂「怎樣打勝仗」守則，以精進部隊訓練。
第五任司令官梁鳳彩（64.04.01∼65.07.05）
河南新野人，民國8年4月6日生，官校十五期。任內興建清水珠螺道路、津沙及儲水澳水庫、北竿發電廠、北竿壁山蔣公銅像、莒光防波堤工程、開發自來水供應、舉辦公務人員講習、成立自衛隊參加國慶閱兵等。
第六任司令官李明萱（65.07.06∼66.10.31）
湖北房縣人，民國10年11月30日生，中央軍校十七期。調任20軍長兼本區司令官，鞏固內部安全、提高無形戰力、拔擢優秀幹部、建立預官經驗卡、整建據點、修改工事射口、闢戰備小徑、設置防空降訓練場、油彈庫地下化、軍法巡迴教育等都有顯著表現。同時籌建縣府大樓、興建介壽、馬港國宅、清水水庫、南竿國軍英雄館、南竿環島公路、介壽國中教室、酒廠廠房、電廠坑道、馬港光武堂、雲臺山莊開幕和拍製「今日馬祖影片」等。
第七任司令官涂遂（66.11.01∼70.11.15）
江西臨川人，民國9年10月12日生，官校十七期。涂將軍在馬祖服務合計有八年又十五日。戍守馬祖期間，籌建北竿喊話站--運用海漂、空漂、廣播等心戰攻勢，常備家屬服務、有功官兵表揚，訓勉將兵「精誠團結」、「同仇敵愾」、「聞雞起舞」、「枕戈待旦」。尤其，指揮西莒菜浦澳據點與北竿軍魂發電廠之闢建、東引信號台及二十五號排據點之整建。北竿、莒光英雄館、福澳港修船室、公車站辦公大樓、南竿民眾活動中心、解決亮島水電、勝利水庫美化、莒光蔣公銅像建築。東引南澳自來水工程、津沙天后宮、介壽獅子市場落成、自動電話通話、北竿電信代辦處成立、大坵簡易自來水、馬富漁船的建造。更值得一提的是—他在興建福澳碼頭之初，花了兩個月時間進行艱鉅的「排雷」（即清除地雷）工作。
第八任司令官趙萬富（70.11.16∼73.06.30）
雲南南華人，民國17年3月11日出生，陸軍官校二十一期。任內強化戰備、精實訓練、建設地方、整建歷史文物館、成立文化工作隊、於臺北成立「馬祖特產展售中心」、馬中增設職教班、南竿自來水廠供水、連江烈士紀念碑揭幕、籌建北竿運動場、莒光電報啟用、改建南竿鄉民眾公墓、福沃碼頭擴建工程、醫院地下化工程、北竿、莒光直升機起降場、志清發電廠、亮島碼頭、勝利山莊工程、介壽運動場、津沙海堤、三君子廟整修、馬祖日報機房及中正圖書館等。
第九任司令官程邦治（73.07.01∼75.07.31）
安徽巢縣人，民國19年12月27日生，中央軍校二十二期。任內塘岐中正路國宅、北竿迎賓館、馬祖日報擴版、山隴白馬尊王廟竣工、福澳華光大帝廟破土、北竿尼姑山供水設施完工。同時，馬祖酒廠納入福利總處供銷，並在台成立地區特產分銷店十四家，開放錄放影機進口，社教館成立視聽教室、興建水產實驗大樓、興辦軍民自強運動大會、改善交通、設置紅磚道、紅綠燈等，並修建環島道路網，開闢津沙、儲水澳、珠螺、秋桂山水庫、福澳先總統蔣公銅像、編印《馬祖畫刊》、《馬祖簡介》、興建津沙公園、南竿汽機車加油站、莒光運動場和北竿坂里國宅、南北竿直撥電話等。
第十任軍長兼司令官丁之發（75.08.01∼77.12.05）
安徽合肥人，民國24年11月25日生，陸軍官校二十八期。任內親自主持各類民意座談、整建學校、添置設備、完成北竿綜合運動場、北竿寶血幼稚園開辦、修建「枕戈待旦」精神堡壘、整修古蹟，重視縣境歷史文物，縣志續修，闢建福澳運動場、福山公園、改善電影院設備。整修養老院、育幼院，增建國民住宅、發展電訊、擴充水電、增建國民住宅、放寬管制以利民生，青帆港城樓建築、司法大廈、莒光電信新廈，自強文化公車，所有措施以繁榮地方、增進民眾福祉為依歸。
第十一任軍長兼司令官葉競榮（77.12.06∼80.02.28）
北京市人，民國25年1月8日生，陸軍官校二十七期。任內雖有黨外棄守金馬論，但乃用心經略，完成北竿后澳集水池、津沙壹號壩、珠螺集水池、20萬加崙油池坑道、志清發電廠新廠房、儲水澳公園、成功山公墓工程、南竿市話線路、連江司法大樓及看守所工程、公路監理所工程、北竿軍魂及東莒電廠、經國紀念館、珠螺灣開發計畫、水試所試驗池、南竿體育館、莒光衛生所及電信機房、敬恆國中禮堂、莒光民眾公墓、猛澳簡易碼頭及漁港大樓、行駛金門快輪、開放收音機、小耳朵、民糧、縮短宵禁時間、清馬道路通車、成立體育會、津沙一號水壩、海鷗救難直升機進駐、黃官嶼放廢彈、輔導民間工程、肉雞、禽畜飼料及民生物資開放進口、酒廠行政大樓落成、擬定馬祖綜合開發計畫、協助遣返偷渡客、權力下放。
第十二任軍長兼司令官顏忠誠（80.03.01∼81.02.15）
福建金門人，生於民國27年9月26日，軍校三十一期。任內完成地區單向直撥公用電話，莒光卡式電話機安裝、成立縣營造工會、主辦「馬祖風情畫」展及鄉土風情攝影賽、社教館擴建、北竿軍魂電廠新機組啟用、完成南竿機場規劃、航行連江快輪、北竿坂里三太子廟整修，爭取整建北竿大道機場，頗獲層峰倚重。
第十三任軍長兼司令官金恩慶中將（81.02.16∼82.08.31）
江西雩都人，民國32年4月6日生，軍校三十四期砲科。治軍嚴謹，實施作戰守備分區責任，官兵福利之增進，軍風之樹立，勤走基層，解決問題。為地區建設則有馬祖社教館擴建、經國紀念館、台馬雙向直撥電話、北竿大道機場及加油站等重大工程、上村趙元帥、橋仔田元帥廟落成、將八八坑道移作存酒倉庫、開放北海坑道參觀、鼓勵送馬祖日報給旅台鄉親閱讀、電話電纜地下化工程、高登、亮島開放對台直撥電話、司法大樓落成、志清電廠新機組啟用、完成南竿機場規劃、漁會所屬漁民招待所落成、開放「鐵堡據點」、公共電視設傳播站，卓有成效。
第十四任軍長兼司令官梁世銳中將（82.09.01∼85.08.31）
福建林森人，民國28年4月21日生，陸軍官校三十二期。任內雖受中共3波文攻武嚇、金馬撒軍論及飛安墜機事件，但乃協助全面推廣植樹造林、支援教練指導地方選手、協助整頓村容、改善飛安、鐵拳山開炸、青帆深水碼頭工程、台灣航空首航本區、協助遣返大陸客、北竿道路擴大整修、電線地下化、馬酒開放銷台，完成台馬光纖電纜布放、金門快輪首航、辦理第一屆民選縣長、議員選舉、解除莒光要塞管制、成立空大附設行專、議會大樓整建、電力公司東引三廠新機組啟用、軍醫院支援縣立醫院、辦理「揚帆連江」文藝季活動、保七總隊巡護艦護漁、興建海淡廠、自衛隊補償、東莒電廠大樓落成、福澳白馬尊王廟、東引安寧廟落成、珠螺灣護堤工程。
縣境廢除戰地政務後，實施地方自治，這時期歷任司令官表列如下：
地方自治後歷任司令官
任別 姓名 籍貫 任期
第十五任 崔萬靈 河北省寧河縣 85.09.01∼86.12.31
第十六任 薛石民 江蘇省常熟市 87.01.01∼89.06.30
第十七任 陸華寧 廣西省武宣縣 89.07.01∼93.06.20
第十八任 程士瑜 江西省 93.06.21∼94.05.31
第十九任 陸小榮 上海市 94.06.01∼95.02.28
馬祖防衛指揮部
馬祖防衛指揮部負擔本區作戰指揮任務，該部下轄戰鬥部隊包括193、194、195等三個守備旅及步兵一至三。戰鬥支援部隊包括69砲兵指揮部、781通信營、戰鬥工兵營、化學兵連，勤務支援部隊有後勤支援指揮部。
馬祖防衛部歷任指揮官
任別 姓名 籍貫 任期
第一任 陸小榮 上海市 95.03.01∼95.10.31
第二任 張慶翔 江蘇省徐州市 95.11.01∼97.09.30
第三任 鄭德美 海南島 97.10.01∼98.09.30
第四任 羅際琴 台灣省新竹縣 98.10.01~100.04.30
第五任 任季男 河南省洛寧縣 100.05.01~102.06.30
現 任 陳曉明 江蘇省鹽城縣 102.07.01~
隊徽為盾形，具有團結鞏固、精實戰力之意。
圖式係由大陸神州與馬祖諸島對峙所組合而為主題。
上方藍白紅三色，代表自由、平等、博愛。
請中華民國陸軍馬祖防衛指揮部⋯所有軍官能全力支持一中華民國⋯
拜託中華民國蔡英文總統和國防部相關單位能多支持和多關心中華民國陸軍馬祖防衛指揮部⋯謝謝