自古即有水師，擁有專師近海、遠海作戰的戰艦。抗戰勝利後，我國接收日本降艦及美國贈與之登陸艦、護衛艦，使得海軍得以重建。
戍守馬祖的海軍健兒，有馬尾撤退防守本區，而後改稱為「海軍馬祖巡防處」，以及海疆巡弋的海軍62特遣艦隊「北巡支隊」，巡弋並控制閩浙海面，適時支援各島嶼作戰，尤其是夜間和濃霧時。
一、海軍馬祖巡防處
海軍馬祖巡防處其前身為海軍馬尾巡防處，駐地為福州馬尾，隸屬於海軍第三軍區司令部，38年8月由馬尾轉進平潭，9月遷馬祖，39年1月改編為海軍馬祖巡防處，擴充為乙級編制，所屬三艦二艇，以一艦駐守白犬，監視梅花、漳港、平潭，另一艦守北竿，支援西洋、浮鷹、北礵諸島，封鎖東冲口及三都澳出口，為確保馬祖列島。支援各島嶼，鞏固臺灣週邊安全，封鎖大陸沿海港灣，斷絕中共戰備來源，封鎖其攻勢並阻止其渡海企圖，阻截進攻船隊於海上，消滅其戰鬥實力，並配合陸軍戍守馬祖海岸。
時馬祖成立守備部，首任指揮官由該處處長關鏞兼任，41年11月該處奉令擴充為甲級編制，所以四艦三艇，更能發揮捍衛馬祖功能。民國44年，海軍總司令部准在馬祖成立港口管理機構，時任「海軍馬祖巡防處」處長海軍上校陶瀾濤以業務需要，在馬祖澳建巡防處辦公樓房，設置信號台、補給課、港務課、小艇隊、水上飛機導航組、清港隊和潛水組，另闢中山室、交誼廳、醫務室。
45年2月奉令成立「海軍聯絡組」，組長由處長兼任，同年5月管轄的「101」、「102」巡邏艇由該處建制，隸屬於海軍62特遣艦隊，受馬祖守備區指揮部作戰管制。該組設組長、副組長、輔導長、文書官各乙員，連絡官八員，艦砲連絡官三員(分駐南、北竿、西莒艦管組)，另有雷達士、航海士、電子士、補給士、駕駛兵、事務士等編制。該組任務：
(一)、負責馬祖地區海陸之通信連絡，適切處理馬指部之海援申請，使馬指部適時瞭解地區海軍艦艇部隊活動情形。
(二)、有關作戰情報及時送達62北巡支隊。
(三)、搜集海面雷達所獲之情報，會同馬指部研判後，適時通知總部和62北巡支隊及地區海面艦艇。
(四)、馬祖地區各離島交通，運補之監護任務。
(五)、兼負通信及情報之傳遞，掌握當面共軍海上活動情形，適時通報有關單位。
「海軍馬祖巡防處」的砲艇，隨時增援莒光閩保縱隊，固守莒光列島、監視大陸梅花、漳港、平潭一帶共軍行動，另一艦駐守東引島，支援西洋、浮鷹、北礵列島海域，圍堵共軍從東沖口及三都澳出口，使能彼此互相呼應，防務東引等島。
民國54年，「馬祖守備區指揮部」改稱「馬祖防衛司令部」，核定「海軍馬祖巡防處」上校處長兼馬祖防衛部副司令官。
馬祖巡防處歷任處長：關鏞、陳威那、吳志鴻、陳安華、陶瀾濤、周非、曹元中、陳繼統、陳安華和劉純良等。
二、海軍馬祖基地指揮部
民國61年7月1日，「海軍馬祖巡防處」奉命更名為「海軍馬祖基地指揮部」，另東引成立「海軍東引基地指揮部」。本縣海軍各單位均為該部配屬單位，並由該部指揮督導，該部隸屬「海軍第三軍區司令部」，負責本區與配屬單位之軍事指揮與管制後勤支援，港防管制與設施維護，離島交通及運補的任務派遣，並協調友軍共同執行確保馬祖安全任務，成員約百餘人，有上校指揮官領導，該部全體官兵均能體認後勤工作是海軍整體戰力重要的一環，本著精實、時效、主動、服務後勤團隊精神，充實專業技能，落實教育訓練，提昇修護能量，達成支援艦隊保衛閩海的目標。
平時該部負責本區艦艇維修與軍需品接轉，庫儲、運補及協調離島運補作業，並依令支援責任區的緊急災害(難)防救任務。
海軍馬祖基地指揮部時期，該部歷任指揮官如下：
第一任指揮官李海建上校，61.07.01~62.02.04。
第二任指揮官樊學峰上校，62.02.05~64.02.20。
第三任指揮官黎耀菁上校，64.02.21~66.04.20。(調任昆陽艦艦長)
第四任指揮官巫舜華上校，66.04.21~67.04.30。
第五任指揮官蔡耀東上校，67.05.01~。
第六任指揮官陳由石上校。
第七任指揮官程溫良上校。
三、北巡支隊
北巡支隊隸屬海軍62特遣部隊，於民國45年4月1日成立，由副總司令黎玉璽中將負作戰指揮權，該部隊下轄支隊很多，其中北區巡邏支隊負責馬祖、莒光、東引守備區行作戰管制，是本縣海上武裝力量，平時確保海域安全，閩海偵巡，戰時聯合友軍遂行反制與阻截大陸對我海上封鎖，或武力進犯，以維護本縣海域安全與暢通。
從民國38年大陸失守至67年底，中共與美國建交，次年元旦結束台海對峙，這30年間，巡弋閩海的海軍艦艇官兵，對捍衛閩海，保障本縣島嶼安全，灑下血汗，值得縣民致敬。
該支隊曾在竿塘洋、白犬洋海域、閩江口或四姆嶼、七星礁、龍牙石、半洋礁、烏豬港、梅花外洋、平潭外洋、三都澳一帶、烏豬港、黃岐港等與解放軍艦艇接戰，衝突無數，其中「江」字號為巡洋艦、驅逐艦，「永」字號為掃雷艦，「中」、「美」、「聯」為登陸艦，「合」字號LCU為中型登陸艇。
擔任北巡支隊的歷任支隊長：林鴻炳、劉征、陳振民、李敦謙、陳振武、馬焱衡(以上為海軍上校)、謝祝年、褚廉方、陳安華(以上為海軍少將)
表一：巡弋本縣海域的艦艇
註一：東江艦，舷號119，於民國54年5月1日，在東引島西北三都澳海域，與中共砲艇發生激戰。
註二：洛陽艦，舷號14，於823砲戰前夕(8月20日)，擔任蔣介石總統座艦，訪察本縣。
四、勤務艦隊
台馬運輸工作是海軍對本區最大的功臣，早年往返台馬兩地，皆靠補給艦，民國59年，為適應外島運補需要，海軍成立「捷安計畫」小組，建造兩艘客貨輪，皆以金馬的山岳命名。3千噸級的太武軍艦AP-518，1千噸級的雲台軍艦AP-519，由日本宇品造船廠建造，專事運送人員及物資，並聘雇艙間客房服務人員，屬勤務艦隊。
雲台輪於61年1月29日首航本區，行駛台－馬－東，但暫不開放民眾搭乘，之後陸續加入交通運輸，民國74年奉令除役後，凌雲軍艦AP-522，萬安軍艦AP523也先後加入主跑台馬兩地，搭載休假官兵及百姓，開航期間，艦上福利社開放，對外販售現做便當，菜色統一，每個35元，味美價廉，常讓休假或退役官兵百姓們大排長龍購食。「合富輪」屬軍租船，為軍方船班，初始給民眾搭乘，船位受限制，民眾仍以搭乘「台馬輪」為主，凡遇到台馬輪維修才會改乘軍租「合富輪」。
不管你們是「驅逐艦隊」、「巡防艦隊」、「後勤艦隊」或「登陸艇隊」，巡弋海疆或交通勤務，乘風破浪，感謝你們給了馬祖生命力。
照片取之《風華與榮耀》和《老艦隊的故事》
【阿波羅新聞網 2013-01-27 訊】
1947年6月28日在東京盟軍總部大禮堂舉行日本賠償艦抽籤，中國海軍上校馬德建伸手一抽，就把二戰傳奇驅逐艦「雪風」號抽到中華民國艦隊成為「丹陽」號。「雪風」艦在日本海軍外號「不死鳥」，二戰中無役不與卻能全身而退，但友艦都不願與之同行，因為好運都被她吸走。
本艦為原日本甲型(「陽炎」級)驅逐艦「雪風」號，佐世保造船廠建造，於1940年一月廿日完工。本艦艦身長388.5呎，寬35.4呎，吃水15呎；標準排水量2,050噸，滿載2,490噸。三座燃燒重油鍋爐推動兩部透賓主機產生52,000匹馬力雙軸推進，最高航速32.7節(移交中國後航速約在27.5節左右)，18節巡航航程4,350浬。乘員軍官37人，士官兵219人。「雪風」艦初成軍時裝有雙聯裝5吋砲塔前一後二共三座，1944年時撤銷一座後砲塔(X砲位)改裝兩組三聯裝25公釐防空機砲。
「雪風」艦在日本海軍可說是大大出名，歷經中途島，雷伊泰，史上最大「信濃」號航空母艦護航，到最後「大和」號沉沒的沖繩之戰幾乎無役不與居然還能全身而退，十八艘「陽炎」級驅逐艦戰後就僅它一艘存活；是日本海軍著名的幸運艦，人稱「不死鳥」。
報導來源：
http://tw.aboluowang.com/2013/0127/280813.html#.Um1H2xD86_J