民國44年1月，海軍兩棲訓練司令部成立陸軍部隊兩棲偵察訓練隊，精挑馬祖海軍水中爆破隊與各師成功隊精英成員，接受為期三個月的集訓，返抵馬祖後於南竿四維村芙蓉澳(今夫人村)整編，經國防部正式核定為「馬祖兩棲偵察獨立分隊」，直屬國防部情報局，編配於「馬祖守備區指揮部」，6月10日再移駐仁愛村擴編，並更名為「陸軍第1002兩棲偵察隊」，在華心權指揮官任內首派84師251團三營三連上尉連長趙連珍(山西人)為隊長，46年元旦，再由望熙嶺連長接任。
46年3月，在鐵板的兩棲偵察隊除隊部外，另設2個分隊，分隊長皆上尉官階，10個偵察組，偵察組長為少尉，統稱他為「蛙人部隊」，有人稱為蛙人、蛙兵、水鬼、兩棲偵察隊、成功隊、海上蛟龍、海龍蛙兵，番號很多，是縣境最精銳的特種部隊，創設之初的一群官長有孫秉麟(浙江)、鄧述作(湖南)、陳仁義(江西)、高華安(湖南)、李永域(四川)、唐岐山(青島)、閻海(河南)、宋竟忠(山東)、狄利川(江蘇)、于金堂(河南)、周遊卿(青島)，每一個官兵身受烽火淬鍊，意念堅貞，「忠義」不讓。他們不斷演練操舟、潛泳、摸哨、擒拿、格鬥、搜索、奪刀、奪槍、反奪槍、跆拳、爆破、野外求生、滲透破壞與襲擊，也必須學會海上的水中技能，包括潛水、障礙排除、水中爆破、水文偵測、夜間及惡劣天氣操舟等，平時負責海域巡弋、無人島搜索、運補護航及海上救難任務，戰時執行海上偵察巡邏，搜捕與特攻作戰任務。
在兩岸對峙年代，無論是蛙人、成功隊、海軍陸戰隊，對兩岸突擊與襲擾事件，國共雙方都有這種行動。他們捍衛馬祖出勤務，幾乎每一分每一秒都在鬼門關前徘徊，而他們都將生死置之度外，既不追求任何名利，也不計較任何得失，只將自已奉獻於革命行列，一批壯烈成仁了，又增添了一批新生力軍，前仆後繼，加入戰鬥行列。
民國54年4月，該部隊因應國光案特種任務，改編為「陸軍第1002兩棲偵察連」。
民國61年，時任陸軍總司令于豪章上將令作戰署，為充實戰力，指示馬祖師成功隊及成功第二大隊所屬各師成功隊(含東引指揮部)及兩棲偵察部隊第1001、1002連，仍以任務編組擴編人員及准儲訓10%備用人員，選訓每年一期，每期3個月。而原配賦本區之M4、M5及LCSR-27舟艇外，餘均改為M2改良型膠舟，馬祖防衛部撥配10艘、東引指揮部3艘，納入編制裝備。
民國62年6月26日，陸總部為使陸軍兩棲偵察部隊作統一編組，以適應外島防務，於10月1 日成立「陸軍101兩棲偵察營」，本區原「陸軍第1002兩棲偵察連」改稱為第三連，隸屬於陸總部特種情報大隊，編配於馬祖防衛部。
民國94年1月1日精進案，移編至陸軍航特部，更名為「陸軍航空特戰司令部兩棲偵察第三連」。
民國95年2月16日，因國防部組織法更名為「陸軍航空特戰指揮部兩棲偵察營第三連」迄今。
數十年來，該隊出生入死地完成了數百次突擊任務，他們無不是從死亡中創造榮譽。友軍有急難，他們總是情義相挺，運補艦螺旋漿絞上漁網，或者是漁戶漁網絞上螺旋漿，他們自告奮勇，緊急救援，展現矯健身手與高超技術，化險為夷。寒暑假台灣戰鬥營來了，必定安排參觀蛙人部隊戰技表演，包括莒拳道、技巧、操舟、水中爆破。地區軍民聯合運動會，也少不了他們的表演，歷屆全國國軍運動會，體能選手大部分都是這裡蛙人健兒，來代表馬祖參加。
鳳凰衛視中文台《海峽下的水鬼—國軍蛙兵部隊解密》，訪問了
林金炎，節目於8月24日晚間9點40分首播。