一、民國54年9月1日，馬祖守備區指揮部奉陸軍總部正式更名為「馬祖防衛司令部」，並增編政六科。司令部下轄南竿東守備區、南竿西守備區、東引守備區、北高守備區、莒光守備區，亮島守備區、砲兵指揮部，後勤指揮部、港口指揮部。
馬祖防衛司令部首任司令官為陸軍中將雷開瑄，副司令官王廣法（察哈爾陽平人）少將，副司令官程立佐少將（江蘇鹽城人，東引反共救國軍指揮官兼），副司令官梁鳳彩少將（河南新野人）兼任第19師師長。
二、民國54年10月19日，陸軍第19師（師長黎柏森、湖南臨湘縣人）調駐馬祖接替陸軍68師防務，為充實員額，調26師進駐本區，增強砲指部、後指部、勤務連及憲兵排。
三、民國56年4月14日、陸軍第10師（師長苟雲森）調駐防區接替北高守備區守備。(苟師長於5月6日調第二中心指揮官)
四、民國57年11月29日第10師駐防期滿，奉調返台，防務由步兵第51師接替，是年，受顧問團建議，人放步哨，不如軍犬有效，國防部特增撥軍犬60隻予本區，並成立軍犬訓練中心，其管理運用及飼養，均由任務之部隊負責。
五、民國58年8月8日，軍長李定到職，15日「奔馬演習」，該軍由台中轉進，計有軍司令部、軍部連、憲兵營、砲指部及本部連，次日抵馬接替防務，同年改由軍司令部兼防衛部。
六、民國59年1月8日，93師先遣部隊進駐防區，2月15日第二梯隊來馬。同日，26師78旅返台。4月6日「昆陽二號演習」、砲兵611營進駐西莒，613營返台。
七、民國60年5月27日，陸軍第9軍奉陸總部令實施「華光演習」，進駐馬祖，於6月27日12時接替馬祖防衛指揮權，至此，防衛司令部由軍司令部兼(司令官即軍長兼)，司令官為苟雲森，副司令官梁鳳彩、陳始升，當時直屬部隊有：砲兵指揮部、後指部、工兵群、搜索團、通信營、憲兵營、兩棲連、軍部連、衛生連。而隸屬軍部指揮的單位有：
1.南竿守備區：61年6月17日，由第68師接替93師。
2.北高守備區：60年12月20日，由第9師接替第46師，該師師長為劉迪忠少將。
3.莒光守備區：61年6月17日，68師203旅接替第93師27旅。
61年12月荀雲森中將建請本部防砲90彈庫24座工事地下化，獲參謀總長賴名湯上將允諾，按計劃施工。
八、民國62年8月28日，第3軍奉陸總部令實施「泰山演習」，進駐馬祖，於11月14日，接替馬祖防務及司令部指揮權。軍長夏超兼司令官(夏司令官於62.02.16調長第9軍兼馬防部司令，同年秋第3、9兩軍輪調，將軍奉命調長本軍，繼續留守馬祖)，同時設政治作戰部和參謀長室，政治作戰部下設政一科至政四科。參謀長室下設第一、二、三處，預財組（主計組）和軍法組。配屬單位有南竿守備隊、北竿守備隊、東引守備隊、莒光守備隊、兩棲連、軍部連、憲兵營、通信營、軍砲兵指揮部（642營、635營、617營、608營、探照燈連、高砲連、觀測連、兼本部連）、汽車連（輕裝備連、戰鬥工兵營）。後勤支援指揮部下設指揮官室和政戰部，配屬有通信組、行政組、計畫組、修護保養組、勤務設施組、補給組（經理補給連）、福利中心、軍犬隊、船舶連、彈藥連、862醫院、兵工連、工保連、輕航空分遣連，另專設海、空軍上校副參謀長等編制。
九、民國64年12月7日，20軍奉陸總部令實施「江都演習」，進駐馬祖、於65年2月19日接替馬祖防衛司令部指揮權。
十、民國67年3月24日，第21軍（該軍於65年1月改稱為第4軍，8月再改為21軍）奉陸總部令，實施「泰安演習」進駐馬祖，於5月4日接替馬祖防衛司令指揮權。此時駐紮馬祖的配屬部隊有：陸軍兩棲第101營第三連（配屬）、第八工指部第501工兵營（暫編）、後指部（配屬）、步兵193師、軍部連、砲兵指揮部、防砲第四團、海指部、502工兵營，781通信營、237憲兵營，而249師配屬莒光地區指揮部。
十一、民國68年7月，第21軍改為長期駐防馬祖，與馬祖防衛司令部合為一體，生死榮辱與共，司令官改為個人輪調，後因崑崙案，取銷軍部番號，專設「馬祖防衛司令部」，其隊名為「雲台部隊」。
十二、為貫徹精兵政策，民國72年8月，「陸鵬三號演習」，莒光師改為莒光指揮部，採單位輪調。9月奉命實施「陸精四號」案，北高師於11月12日以原番號改編為外島步兵師，莒光、南竿守備區於73年4月16日完成整編及兵力部署調整。
十三、民國80年4月1日，在國軍精兵政策下，依「陸精七號案」裁編併政策如下：
1.南竿守備區計裁撤馬祖防衛部第四處，193師戰車搜索連及工兵營工二、三連。
2.北竿守備區裁併193師司令部及師部連、幹訓班，由防衛部編成「北高指揮部」，擔任北竿地區作戰及行政指揮。
3.通信營裁減為通信連，工兵營裁減為工兵連，化兵連裁為化兵排，衛生連改編為北高野戰醫院，幹訓班移編防衛部，而工兵連、通信連、勤務連、運輸排、北高醫院則併編為支援營，隸屬後指部。
十四、民國88年3月，陸軍精實案後，外島改守備旅，以輕裝步兵為主，砲兵為輔，配合戍守地區地形，進行防衛作戰，確保防區。
歷任長官
一、第一任司令官雷開瑄（54.07.01∼58.08.11）
陸軍中將兼司令官，四川閬中縣人，民國5年7月15日生，軍校十一期砲科。任內興建雲台閣、社教館、陽明圖書館、北竿中正堂電影院、東莒懷古亭、升格馬中為高級部，推展「馬祖精神」及「誠實」、「禮貌」、「整潔」三大運動，並編成歌曲，教唱軍民，尤其南竿仁愛村的「北海坑道」開鑿工程，更成了今日軍事觀光景點。
二、第二任司令官李定（58.08.12∼60.07.10）
本名定一，湖南永興人，民國3年9月5日生，軍校十一期。 駐防馬祖期間興建馬港大樓、中正國中、育幼院、梅石蔣公銅像、天主堂、志清發電廠、山隴介壽堂、擴建酒廠於復興嶺、中正堂電影院、介壽村店鋪公寓、擴建防空掩體、代訓駕訓班、成立飲料廠、漁業運銷合作社、編印「馬祖戰歌」、「馬祖戰鬥文藝」、訂定「親民日」，親自接見民眾聽取意見，並擴大軍民聯合運動會等。
三、第三任司令官苟雲森（60.07.11∼62.02.15）
將軍四川閬中人，民國9年8月10日生，中央軍校廣州分校十五期步科。調長第九軍兼本區司令官，強化戰備、經營戰場、確立長期固守、全面總體防禦之方針、並推行戰地政務、成立電信局、馬祖發電廠、籌編縣誌、興建東莒中正堂電影院、改善交通船、雲臺輪首航、拓寬南、北竿道路、繁榮地方。
四、第四任司令官夏超（62.02.16∼64.03.31）
將軍字荷池，湖南常德人，民國7年7月19日生，中央軍校高教班十一期。任內興建歷史文物館、蒐集地區文物、改善通信設備、山隴、清水防波堤工程、製氫廠、油池坑道、籌建北竿發電廠、馬祖公車處營運、成立電力公司、飼料加工廠、花崗石開採、亮島給水系統。並親撰「確保馬祖十大勝利保證：信心夠、戰志堅、訓練好、工事強、地形險、面積小、火力大、軍品足、警覺高和戰備周」。並訂「怎樣打勝仗」守則，以精進部隊訓練。
五、第五任司令官梁鳳彩（64.04.01∼65.07.05）
將軍字霞飛，河南新野人，民國8年4月6日生，官校十五期。任內興建清水珠螺道路、津沙及儲水澳水庫、北竿發電廠、北竿壁山蔣公銅像、莒光防波堤工程、開發自來水供應、舉辦公務人員講習、成立自衛隊參加國慶閱兵等。
六、第六任司令官李明萱（65.07.06∼66.10.31）
將軍湖北房縣人，民國10年11月30日生，中央軍校十七期。調任20軍長兼本區司令官，鞏固內部安全、提高無形戰力、拔擢優秀幹部、建立預官經驗卡、整建據點、修改工事射口、闢戰備小徑、設置防空降訓練場、油彈庫地下化、軍法巡迴教育等都有顯著表現，同時籌建縣府大樓、興建介壽、馬港國宅、清水水庫、南竿國軍英雄館、南竿環島公路、介壽國中教室、酒廠廠房、電廠坑道、馬港光武堂、雲臺山莊開幕和拍製「今日馬祖影片」等。
七、第七任司令官涂遂（66.11.01∼70.11.15）
將軍字羽飛，江西臨川人，民國9年10月12日生，官校十七期，涂將軍在馬祖服務合計有八年又十五日。戍守馬祖期間，籌建北竿喊話站--運用海漂、空漂、廣播等心戰攻勢，常備家屬服務、有功官兵表揚，訓勉將兵「精誠團結」、「同仇敵愾」、「聞雞起舞」、「枕戈待旦」，尤其指揮西莒菜浦澳據點與北竿軍魂發電廠之闢建、東引信號台及二十五號排據點之整建，北竿、莒光英雄館、福澳港修船室、公車站辦公大樓、南竿民眾活動中心、解決亮島水電、勝利水庫美化、莒光蔣公銅像建築，東引南澳自來水工程、津沙天后宮、介壽獅子市場落成、自動電話通話、北竿電信代辦處成立、大坵簡易自來水、馬富漁船的建造，更值得一提的是—他在興建福澳碼頭之初，花了兩個月時間進行艱鉅的「排雷」（即清除地雷）工作。
八、第八任司令官趙萬富（70.11.16∼73.06.30）
將軍字萬夫，雲南南華人，民國17年3月11日出生，陸軍官校二十一期。任內強化戰備、精實訓練、建設地方、整建歷史文物館、成立文化工作隊、假臺北成立「馬祖特產展售中心」、馬中增設職教班、南竿自來水廠供水、連江烈士紀念碑揭幕、籌建北竿運動場、莒光電報啟用、改建南竿鄉民眾公墓、福沃碼頭擴建工程、醫院地下化工程、北竿、莒光直升機起降場、志清發電廠、亮島碼頭、勝利山莊工程、介壽運動場、津沙海堤、三君子廟整修、馬祖日報機房及中正圖書館等。
九、第九任司令官程邦治（73.07.01∼75.07.31）
將軍安徽巢縣人，民國19年12月27日生，中央軍校二十二期。任內塘岐中正路國宅、北竿迎賓館、馬祖日報擴版、山隴白馬尊王廟竣工、福澳華光大帝廟破土、北竿尼姑山供水設施完工，同時馬祖酒廠納入福利總處供銷，並在台成立地區特產分銷店十四家，開放錄放影機進口，社教館成立視聽教室、興建水產實驗大樓、興辦軍民自強運動大會、改善交通、設置紅磚道、紅綠燈等，並修建環島道路網，開闢津沙、儲水澳、珠螺、秋桂山水庫、福澳先總統蔣公銅像、編印《馬祖畫刊》、《馬祖簡介》、興建津沙公園、南竿汽機車加油站、莒光運動場和北竿坂里國宅、南北竿直撥電話等。
十、第十任軍長兼司令官丁之發（75.08.01∼77.12.05）
將軍安徽合肥人，民國24年11月25日生，陸軍官校二十八期。任內親自主持各類民意座談、整建學校、添置設備、完成北竿綜合運動場、北竿寶血幼稚園開辦、修建「枕戈待旦」精神堡壘、整修古蹟，重視縣境歷史文物，縣志續修，闢建福澳運動場、福山公園、改善電影院設備，整修養老院、育幼院，增建國民住宅、發展電訊、擴充水電、增建國民住宅、放寬管制以利民生，青帆港城樓建築、司法大廈、莒光電信新廈，自強文化公車，所有措施以繁榮地方、增進民眾福祉為依歸。
十一、第十一任軍長兼司令官葉競榮（77.12.06∼80.02.28）
將軍北京市人，民國25年1月8日生，陸軍官校二十七期。任內雖有黨外棄守金馬論，但乃用心經略，完成北竿后澳集水池、津沙壹號壩、珠螺集水池、20萬加崙油池坑道、志清發電廠新廠房、儲水澳公園、成功山公墓工程、南竿市話線路、連江司法大樓及看守所工程、公路監理所工程、北竿軍魂及東莒電廠、經國紀念館、珠螺灣開發計畫、水試所試驗池、南竿體育館、莒光衛生所及電信機房、敬恆國中禮堂、莒光民眾公墓、猛澳簡易碼頭及漁港大樓、行駛金門快輪、開放收音機、小耳朵、民糧、縮短宵禁時間、清馬道路通車、成立體育會、津沙一號水壩、海鷗救難直升機進駐、黃官嶼放廢彈、輔導民間工程、肉雞、禽畜飼料及民生物資開放進口、酒廠行政大樓落成、擬定馬祖綜合開發計畫、協助遣返偷渡客、權力下放。
十二、第十二任軍長兼司令官顏忠誠（80.03.01∼81.02.15）
將軍福建金門人，生於民國27年9月26日，軍校三十一期，任內完成地區單向直撥公用電話，莒光卡式電話機安裝、成立縣營造工會、主辦「馬祖風情畫」展及鄉土風情攝影賽、社教館擴建、北竿軍魂電廠新機組啟用、完成南竿機場規劃、航行連江快輪、北竿坂里三太子廟整修，爭取整建北竿大道機場，頗獲層峰倚重。
十三、第十三任軍長兼司令官金恩慶中將（81.02.16∼82.08.31）
將軍江西雩都人，民國32年4月6日生，軍校三十四期砲科。治軍嚴謹，實施作戰守備分區責任，官兵福利之增進，軍風之樹立，勤走基層，解決問題，為地區建設則有馬祖社教館擴建、經國紀念館、台馬雙向直撥電話、北竿大道機場及加油站等重大工程、上村趙元帥、橋仔田元帥廟落成、將八八坑道移作存酒倉庫、開放北海坑道參觀、鼓勵送馬祖日報給旅台鄉親閱讀、電話電纜地下化工程、高登、亮島開放對台直撥電話、司法大樓落成、志清電廠新機組啟用、完成南竿機場規劃、漁會所屬漁民招待所落成、開放「鐵堡據點」、公共電視設傳播站，卓有成效。
十四、第十四任軍長兼司令官梁世銳中將（82.09.01∼85.08.31）
將軍福建林森人，民國28年4月21日生，陸軍官校三十二期。任內雖受中共3波文攻武嚇、金馬撒軍論及飛安墜機事件，但乃協助全面推廣植樹造林、支援教練指導地方選手、協助整頓村容、改善飛安、鐵拳山開炸、青帆深水碼頭工程、台灣航空首航本區、協助遣返大陸客、北竿道路擴大整修、電線地下化、馬酒開放銷台，完成台馬光纖電纜布放、金門快輪首航、辦理第一屆民選縣長、議員選舉、解除莒光要塞管制、成立空大附設行專、議會大樓整建、電力公司東引三廠新機組啟用、軍醫院支援縣立醫院、辦理「揚帆連江」文藝季活動、保七總隊巡護艦護漁、興建海淡廠、自衛隊補償、東莒電廠大樓落成、福澳白馬尊王廟、東引安寧廟落成、珠螺灣護堤工程。
民國81年11月7日解除戰地政務，82年11月27日第一屆民選縣長產生，縣政歸民選縣長主政，其功績在政事篇中記述。
十五、第十五任軍長兼司令官崔萬靈中將（85.09.01∼86.12.31），河北省寧河縣人。
十六、第十六任軍長兼司令官薛石民中將（87.01.01∼89.06.30），江蘇省常熟人。
十七、第十七任軍長兼司令官陸華寧中將（89.07.01∼93.06.20）
十八、第十八任軍長兼司令官程士瑜中將（93.06.21∼94.05.31）
十九、第十九任軍長兼司令官陸小榮中將（94.06.01∼95.02.28）
其中夏超、趙萬富、程邦治、葉競榮、顏忠誠、薛石民、陸小榮、張慶翔都升任金門司令官或指揮官。
