一、沿革
（一）、民國44年3月24日，步兵第69師輪調返台，步兵第84師增配170團奉命接防馬祖列島防務，由少將師長華心權兼指揮官，並奉命正式在馬祖中興嶺成立「馬祖守備區指揮部」，直屬國防部所屬陸軍建制。
(二)、民國44年3月26日，以44純級字第287號令，規定馬祖守備區指揮部應以駐馬祖之陸軍步兵師司令部人員編成為主。指揮官、參謀長及參一、二、三、四科科長等均由該師師長、參謀長及各科長兼任。下轄陸、海、空軍等部隊，同時分為東引(至44年12月即劃歸海軍指揮)、莒光、北高、南竿東、及南竿西等五個守備隊、一個砲兵指揮部、一個高砲指揮部。至此守備區指揮部始略具規模，各離島之工事也逐漸完成，而益趨鞏固。上校副師長王枝春兼莒光守備隊隊長，上校團長顏珍珠兼東引守備隊長。戍守的部隊還有57師、169團第三營、170團、反共救國軍第二大隊、高砲8團、陸軍砲兵第一連、陸軍高砲連一、步兵42迫砲連四、155加農砲連一、兩棲偵察隊一排、陸軍第304運輸組、陸軍第804醫院、陸軍衛生船舶隊、海軍第六水面偵測分隊、海軍艦砲管制組、陸軍探照燈第一連、馬祖海軍巡防處、空軍聯絡組、空軍管制組、聯勤57收支組、聯勤第109財務隊及其他海陸空勤支援部隊。
44年3月28日，莒光守備隊以第57師170團為主配屬，反共救國軍第46支隊及敵後閩北工作處等單位任東、西莒守備。
（三）、民國46年4月1日，「五岳演習」，84師奉命輪調返台，由第17師及50師之一部戍守，17師師長何俊，何將軍三度來馬服務，南竿本島為第17師司令部，49、50二個團砲指部、兩棲偵察隊、海空軍雷達站、815陸軍醫院、憲兵連、馬祖政務委員會，同時高砲第6團進駐，高登為第17師51團第二營、西莒第51師151團及高砲部隊、東引守備區指揮部、反共救國軍第二總隊，馬祖兵力達2萬人。
（四）、民國47年12月1日，陸軍少將田樹樟任指揮官兼17師師長，迄48年11月由陸軍第81師及26師之78團及77團之第三營接替，仍由田將軍兼任指揮官，此時期本縣駐守2個加強步兵師、4個獨立砲兵營、2個高砲營、5個民防自衛隊，可用兵力約4萬人。
（五）民國50年6月，81師輪調返台，由陸軍第27師接替防務，乃由陸軍中將田樹樟將軍任指揮官兼27師師長。
（六）民國51年1月，田樹樟中將調陸軍第三軍軍長，由陸軍少將彭啟超接掌指揮官兼27師師長。6月下旬，防區奉令加強戰備，步兵第84師之251團增配防區，擔任莒光列島守備部隊，而將原守備莒光之27師81團調回南竿，並重新部署南竿島守備，分為東、西兩個守備隊，南竿島東西守備隊以梅石村到珠螺村為南北直線，其東為東守備隊，轄介壽、復興、福澳、梅石(含清水)，其西為南竿西守備隊，轄區含珠螺、馬港、四維、津沙、仁愛5村，分由27師80團、81團任守備部隊。
（七）民國54年3月17日，實施「北極演習」，進駐浪島(東引與北竿之間，今改名為亮島)，並經營之，以加強東引與馬祖間海上連鎖，確保台馬航線之安全。
（八）5月16日，陸軍中將雷開瑄接任指揮官，7月1日，指揮部奉令改編為「馬祖防衛司令部」，轄東引，莒光、北高、南竿東、南竿西等五個守備隊及一個亮島守備隊，第10師全部擔任海防，其步一連及防砲之109連擔任亮島防務，第19師保持機動為主，加強訓練及構工，駐防2師及東引守軍士氣戰備提高。
馬祖守備區指揮部在本縣經略十年，正逢國共島嶼爭奪戰，從浙境一江山棄守，漁山、披山、南麂山、大陳諸列島撤退，增防馬祖，又逢八二三砲戰，二次台海危機，守軍淬勵奮發，化危機為轉機。蔣公於47年7月1日蒞馬巡視，特書「枕戈待旦」四字勗勉，該時期國防部俞大維部長以「穩定前線，控制海峽」為工作重點，加強戰備，發展經濟，振興文教，爭取美方支援，協同大陸災胞救濟總會和中國農村復興委員會補助本區建設，「確保馬祖」是此時期最大的功績。而俞大維部長是到過馬祖最多次的國防部長，當年高登還有「大維港」予以紀念。
二、歷任指揮官
(一)第一任華心權指揮官（44.03.24∼46.04.30）
少將師長兼指揮官，陝西商縣人，民國8年生，軍校國教班西南分校第三期、步校高級班二期、國防大學聯戰班第三期、美國陸軍參大進修，經略本區道路建設、加強戰備及訓練民防總隊，爭取救總補助、成立戰地政務委員會、縣政諮詢會、籌辦馬祖初級中學、發行登步報、並創設中興酒廠等都付出心力，軍事方面成立「作戰協調中心」。
（二）第二任何俊指揮官(46.05.01∼47.11.30）
少將師長兼指揮官，湖北沔陽人，軍校七期，三度戍守馬祖，建設官兵休假中心，組織漁、農、工、商會、擴建中興酒廠，改登步報為馬祖日報、東湧日報，加強軍隊思想武裝。
（三）第三任田樹樟指揮官（47.12.01∼50.12.31）
少將師長兼指揮官，山東高苑人，民國4年10月12日生，軍校七期，任內成立馬祖光華廣播電臺、南竿文康中心、完成中興戰道工程、北竿壁山戰道、西莒西路山戰道、南竿衛生所、改組馬祖軍友社、建設軍人公墓及北竿因公殉職陣亡官兵紀念塔、構建北竿機場、興建梅石電影院，各島主、支道路及海岸地下據點和地方文經建設，任內晉升為中將。
（四）第四任彭啟超指揮官（51.01.01∼54.05.15）
將軍字冠軍，湖北黃陂人，民國2年2月9日生，中央軍校武漢分校第七期砲兵科。任內完成坑道900公尺、完成山隴至馬港水泥道路鋪設、天后宮的重修、陸軍醫院大廈的承建、腰山等11座水壩的興建、學校牛奶站供應、開訓漁撈班、獸醫班、協建台銀馬祖分行宿舍及莒光民眾服務站、擴建北竿機場、埋設陸上及海底電纜線路、改善營區及庫儲設備，績效特著，曾蒙先總統多次召見嘉許。
上列四位指揮官被喻為縣境「四大金鋼」，本縣當年在最艱困最逆境的10年裡，他們拓殖馬祖，從無到有，令人感念。
（五）第五任雷開瑄指揮官（54.05.16∼54.06.30）
四川閬中人，其學經歷事蹟併入馬祖防衛司令部時期敍述之。
