(一)、民國38年8月中旬，海軍馬尾巡防處上校處長關鏞率艇撤退來馬祖，所轄三艦二艇，以南竿塘為基地，並與隨後駐防的陸軍部隊，共同防衛列島。
同月，福建海上保安第一縱隊司令王調勳，奉福建綏靖公署之命，進駐本縣西莒島、東莒島、東引島、西洋島、浮鷹島、四礵及台山列島、烏坵島，指揮部設在西莒「山海一家」，隨時突擊對岸重要灣澳，尤其注意三都、連羅、平潭方面共軍渡海準備，協助增強對閩江口的封鎖。
9月派陸軍步兵第207師上校副師長周中鋒及上校團長江學海，率領該師620團及621團之第一營，與師搜索連進駐馬祖南竿與北竿塘擔任防務，該師屬東南長官公署建制部隊，多由青年學生編組而成，年輕力壯，儀容整齊，協同海軍巡防處戍守各島，並成立「馬祖指揮部」，由海軍巡防處上校處長關鏞兼任指揮官，周中鋒為副指揮官，此即馬祖正式駐軍之始，隸屬「台灣警備司令部」。
39年3月中旬，第339師(屬第6軍軍長戴樸)1015團上校副師長陳威那接替周中鋒副師長，惟兵力為1015團加強及1016團第一營(營長黃釗)，團部設在山隴，營部在馬祖澳，仍受「海軍巡防處」作戰管制，陳威那接副指揮官不久去電國防部稱：閩江內港潭頭集結兵力萬餘人，漁船200餘艘，帆船20餘艘，有發動戰爭之慮，為爭取時間，極需砲兵火力配備，如撥發洋灰、鐵絲、大捲木樁材料等以加強工事，關指揮官鑑於馬祖列島為台灣外圍要點，又為海軍封鎖大陸基地，而列島毗連大陸，易受中共空軍之威脅，台灣空中支援時間上恐覺遲緩，請支援高射砲二連，擔任全島防空任務。
(二)、民國39年5月，步兵第92師進駐馬祖，接替防務，由該師師長李毓南少將兼任防區最高指揮官，直隸於「台灣防衛總司令部」，自此不屬海軍巡防處作戰管制，他到任後為固守馬祖，加強海岸工事，增建核心據點，並建請國防部增派艦隊，李部在南竿塘各重要山巔、澳口增築輕重機槍堡31處、人員掩蔽11處、彈藥屯積所2處、坑道9處、蓄水池2處，凡南竿、牛角嶺、望牛山、大、小牛山、牛背嶺、福澳嶺、龍玄嶺、福清嶺、長梅山、成功山、清梅嶺、大梅山、腰山、鐵板山、圓台山、南樓頂、東樓頂、津沙嶺、西尾山、秋桂山、馬祖山等處都有軍事駐點；北竿塘方面，築輕重機槍堡14處、人員掩體5處、坑道3處、班火點5處
(三)、民國39年10月1日，由步兵第13師接替，師長劉明奎少將兼任指揮官，所屬步兵38、39、40團及師直屬部隊，並配有特種工兵第二中隊、兵工保養分隊、聯勤第六補給站、海軍巡防處，及福建省反共救國軍閩北地區部隊等，時92師乃在本區駐防，劉部官兵多由江西省保安第二旅撤退改編成軍，戍守在南、北竿塘，趕構永久及副防禦工事，請上級撥鋼筯50噸、剌絲600捲、鐵絲500公斤，增築核心據點，於南、北竿島上各澳口依地形增築獨立性排、連據點(或岱形陣地)，沿岸懸崖增築伏地堡為火力骨幹。
(四)、民國41年12月1日步兵第18師(欠第53團)，由金門抵馬祖縣境，接替第13師防務，師長孟述美少將兼任指揮官，所屬步兵52、54團，並以52團進駐北竿，事權歸「金門防衛司令部」節制，民國43年第18師第53團由金門歸建，替代反共救國軍戍守白犬列島，這時縣境四鄉五島才正式歸屬正規國軍駐防。此時期，馬祖有守軍約6000人(不含海保部隊)，孟部移防馬祖發現全島火力不足，也請增派砲兵一連、機關砲兵一連
(五)、民國43年6月1日，步兵第69師205團接替步兵第18師防務，由上校副師長陳德煌兼任指揮官，陳部鑑於本區游擊隊純係自動組成，對國軍協助情報蒐集及突擊，擾亂共軍獲良好成績，為扶植其發展，協助補給糧彈。
(六)、同年7月1日，由上校副師長陳威那接任指揮官，此為陳指揮官第二度來馬駐防，其間，陳指揮官竭盡所能向國防部請求支援，諸如增發電話機、照明彈
(七)、同年9月1日，再由第7師師長何俊少將兼任指揮官，戍守部隊除205團外，步兵206團第三營、206團42砲連、69師砲兵營及反共救國軍第46支隊第二大隊皆屬之。次年2月，步兵第84師先遣252團第一營開赴東引，擔任東引列島之防務，何部在馬祖駐守期間爭取60迫砲彈、卡柄彈、45衝鋒彈、交通船、滾雷、配發醫院外科手術器材、民眾診療所應用的藥品，更為馬祖屯糧、儲煤3個月以上的目標努力。
此時期，國軍撤退抵縣境防禦，或移防或輪調皆頻繁，實因由各地撤退來台的兵源較雜，有海南島撤退的，有滇緬邊境回台的，有舟山、大陳撤退的，所以縣境5年光景更換了7位指揮官及部隊，此時國軍仍在不斷整編，編併零散部隊，精簡高階，充實基層，還得兼顧安定軍心，減少財政負擔，同時開始討論在台灣實施徵兵制。尤其先遣進駐部隊無營舍，除了餐風飲露之外，往往須借用民宅，一面構築碉堡工事，一面協助推展政事，辦理學校及民眾夜間教育班，組訓民眾，這一批來自大陸大江南北的漢子，讓縣境人口增加2、3倍，軍民能共體時艱，合作無間。
此期間，馬祖工事百廢待舉，守軍日夜大挖地洞、地道、戰壕，配發的簡易工具－圓鍬、十字鎬，都挖鈍了，在美軍顧問組建議和支援下，下陣地位置、據點編成、永久工事、大砲陣地、機關掩體、砲位射向、用快乾水泥舖灘頭軌條砦、沿岸佈雷等等，務使中共船艦來襲逃不出火網封鎖，同時辦「幹訓班」，教授「海島作戰」課程，實兵實戰演習，海空協同，通信聯絡等等，還得協助民防組訓，民眾教育，發展地區經濟等。
二、歷任指揮官
（一）第一任指揮官：關鏞（38.09∼39.05.09）海軍巡防處上校處長，遼寧法庫人，民國前7年生，青島海校畢業，曾任分隊長、艦長、大隊長、處長，任內台灣銀行成立馬祖儲匯處
（二）第二任指揮官：李毓南（39.05.10∼39.09.30）92師少將師長，湖南興青人，民前5年生，中央軍校五期，任內成立大陸災胞救濟總會馬祖辦事處與馬祖美軍軍事顧問小組，並發行「限馬祖地區通用紙幣」。
（三）第三任指揮官：劉明奎（39.10.01∼41.11.30）步兵13師少將師長，四川廣漢人，民國3年生，軍校10期，任內協助成立「馬祖行政公署」、會同海保部隊統一情報工作、支援游擊隊突擊大陸、成立地方區漁會及救國團馬祖中隊，並成立國民黨地區黨部。
（四）第四任指揮官：孟述美（41.12.01∼43.05.31）步兵18師少將師長，海南特區崖縣人，民國5年生，官校10期，任內成立馬祖物資處、改制地方行政為「閩東北行署」、設立心戰指揮所、廣播電台、大陸漁民接待站、軍友社。
（五）第五任指揮官：陳德煌(43.06.01∼43.06.30) 69師205團上校副師長，湖北漢川人 ，民國2年11月21日生，官校11期，任內成立兩棲偵察隊。
（六）第六任指揮官：陳威那（43.07.01∼43.08.31）步兵339師師長，海南文昌人，民國3年8月12日生，中央官校第四分校(廣東分校)第13期，任內成立陸軍野戰醫院。
（七）第七任指揮官：何俊（43.09.01∼44.03.23）步兵第7師師長，湖北沔陽人，民前4年12月13日生，軍校7期，任內成立國防部「情報局閩北工作處」、馬祖島郵局。
馬祖指揮部組織系統表(國軍檔案資料)
三、兵紀(38.8至44.3)
民國三十八年(1949年)
9月1 日 首批「正規軍隊」進駐本縣，東南長官公署發布陸軍207師上校副師長周中鋒及上校團長江學海，奉命率620（加強）團及621團第一營，與師搜索連進駐馬祖，擔任防務，並成立「馬祖指揮部」，屬台灣警備司令部節制。
9月4日 海軍總司令桂永清電飭馬尾海軍巡防處－「即刻遷駐馬祖或長岐島（今北竿），加強閩江巡弋、封鎖及艦艇補給」等任務。馬尾海軍巡防處處長關鏞率「聯華」、「嘉陵」、「美朋」、「美樂」、「台南」、「焦山」等艦，封鎖閩江口，防守馬祖基地，處長關鏞上校以協防馬祖、長岐（北竿島）及臨近島嶼與海域。
9月7日 湯恩伯總部為增強平潭防衛，令第74軍由馬祖開往平潭島，整編為第51師並納入第73軍建制，全軍人數不足5000人。湯部令73軍軍長李天霞兼平潭列島防守司令，由兵團司令李延年坐鎮平潭督導。《平潭島戰鬥 P3 島嶼戰叢書 史政局》
9月11日 海保游擊隊派陳為慶等潛入大陸連江浦口突擊，卻遭中共連江縣長鄭得山所率第4軍分區獨立營活捉。
9月14日 平潭島遭共軍全面包圍，並強行登陸，國軍第6兵團73軍轉移牛山島(位平潭島東南角)，其餘官兵則轉向平潭島東方東庠島集結，準備撤往馬祖。《海軍艦隊發展史(一) P626 韓祥麟 國防部史政局印 民90》
9月16日晨 第二艦隊司令黎玉璽率同「太湖」、「太和」和「永嘉」三艦前往平潭助戰，但平潭觀音澳和蘇澳已失守，第73軍殘部稍事整頓，遂由「太和」、「永嘉」兩艦掩護轉移平潭島東方的東庠島集結，當晚即撤運至馬祖，隨即轉航台灣基地整編。《平潭島戰鬥 P6 島嶼戰叢書 史政局》
9月17日 第6兵團司令李延年及73軍軍長李天霞，率部5000餘人，另由「太和艦」及「天平輪」一併撤運馬祖。《海軍艦隊發展史(一) P626》
9月18日晨 游擊隊翁秉乾支隊長，親率第一中隊95人，分乘汽艇1艘、帆船3艘，北進至大陸連江定海北黃岐海岸，與共軍（84師250團3營）遭遇戰，擄獲步槍156支、機槍3挺和子彈1000多發《東海部隊奮鬥史 魏耿著》。而同一天撤離平潭島的國軍，有部份轉進馬祖。
10月30日 北竿芹壁村陳姓漁民，在高登海域撿拾海貝時，誤遭島上駐軍開槍擊斃。
10月30日 海軍艦艇突擊本縣西北定海灣。
11月1日 巡艇2艘，轟擊閩江口長門（琅岐島西北）兩岸，並以燃燒彈擊燬琅岐島港口木船。下午，「江元艦」(艦長盧淑濤)於馬祖返基隆途中，擱淺於南竿島正東24海浬之東沙礁(今改「南引島」)。註：該艦於12月31日就地解體除役。
11月3日 海軍巡艇突擊位於本縣西北定海灣共軍陣地，並砲轟岸上油庫及中共營舍。
11月23日 福建省政府「播遷」金門，中央任命胡璉為福建省政府主席乃兼12兵團司令官。
11月底 海保游擊隊登大陸連江曉澳一帶襲擾時，不幸遭擊斃11人、傷3人、被俘26人。
12月6日 「美和艦」由高雄出發宣慰離島金、澎、馬駐軍，於19日扺本縣，公演話劇、分發畫刊及慰問品，並放映「氣壯山河」影片，鼓舞士氣。
12月13日 海軍第三區司令曹開諫派清港隊正領班黃斌、一等技工王志慎二員搭美樂艦來馬祖，協助清理馬祖港抗戰時期被盟軍擊沉的日艦沉船工程。
12月20日 海軍總司令部函請馬祖巡防處關鏞處長，就馬祖港沉船及鐹爐外露情形，原船名，有礙航道情形查報。(時馬祖港沉船2艘，1艘為日本商輪3200噸，戰時為美機炸沉，船身半埋沙內，另1艘屬福建省新吉商輪，38年秋截重沉沒，低潮外露。)
12月25日晨 大陸定海灣、三都澳一帶，我方海空搜索隊進行海空搜索行動。
12月26日 中共漁船向平潭、長樂各港集中，海軍艦2艘駛定海灣及北茭一帶。
12月27日 海巡艦出擊閩江口梅花島(今長樂市東)。
民國三十九年(1950年)
1月初 「海軍馬尾巡防處」改編為「海軍馬祖巡防處」，並擴充為乙級編制。
1月1日 在閩江口外梅花島至定海，海軍兩艦艇截擊中共帆船，並押解回馬祖基地詢問。
1月9日 「聯華艦」在白犬洋與平潭海域，與中共十餘艘船發生遭遇戰。
1月15日 「永豐」、「美朋」和「聯華」等艦，在閩海梅花山海域砲擊中共陣地及船隻。
1月17日 「聯華」、「美朋」兩艦巡弋北茭、梅花和平潭海域，與中共船隻皆有零星砲火。
1月25日 海軍派駐馬祖區巡弋的軍艦一艘，在馬祖北方東沖島海面，擊沈中共船隻數艘。
1月28日 海軍「潮安艦」，由艦長陳安華率領，離開左營，駛往馬公裝水雷後，再駛往馬祖海
域，由馬祖巡防處關鏞處長率領「永豐艦」一同前往閩江口外實施佈雷。
春 撥編成立「福建人民反共突擊隊」，機輪總隊有「德明」、「海堡」和「海城」3艘砲艇，載重400擔的帆船35艘，載重30擔的漁船65艘及舢板船18艘。《東海部隊奮鬥史 魏耿著》
2月5日 本縣一機動艇隊及砲艇兩艘，在七星嶼附近，與中共機帆船隊展開遭遇戰。
2月7日 為捍衛馬祖，空軍飛機二架在福州台江區投彈八枚，炸燬民房76間，造成福州人民26人死亡，43人受傷。
2月25日 空軍飛機兩架再次進入福州市區上空，投彈數枚。
3月3日 國防部保密局局長毛人鳳薦派魏耿為「福建人民反共突擊隊第四縱隊司令」。
3月 成立「馬祖指揮所」，派關鏞、周中鋒為正副指揮官，馬祖所需一切應儘先運濟。《國軍檔案》
4月 福建省海上保安第一縱隊完成莒光列島工事構築計畫，構築屋頂形碉堡－東莒島15座，西莒島8座，所用杉木690根，洋灰340包，需石工、木工和土工共805人次參加。
4月4日 海軍「中建艦」在北茭半島擊沉中共機帆船一艘。
4月8日 中共宣佈正式封港，從此西莒島跟長樂縣沿海斷絕了來往，轉介走私物資始告終止。
4月20日 駐防本縣陳威那副師長，去電台灣防衛部孫總司令稱：我方急需防禦工事材料，請速撥洋灰3000包、鐵絲300大捲和木樁（1.8∼2.0公尺）1萬根，以利戰備。
5月14日 駐西洋島海保游擊隊，潛入羅源縣琇邦鄉，抓走中共稅務幹部1名和漁民2名。
5月27日 馬祖巡防處防守指揮所，擬訂「防區守備計畫」．就敵我攻防、兵力部置、作戰準備、
艦艇戰鬥、情報通訊、陣地喊話和海陸部隊無線電話密語等，進行評估。
6月 配合韓戰，國軍部隊進行全面整編計畫，在馬祖採「攻勢防禦」的戰略。
6月10日 閩江口外梅花島至定海港沿海，發現中共帆船300餘艘，海軍巡防處派2艦前往截擊，捕獲數艘並押回馬祖基地訊問。
6月18日 海軍艦艇巡弋閩海，並摧毀中共船隻。
6月29日 南、北竿塘趕構永久及副防禦工事，急電台灣防衛總司令部需撥鋼筋600噸。
8月10日 海保部隊「海英」砲艇，由作戰官莊大志及第三大隊長林雄琦率領，向西洋島進襲，並支援守島弟兄，卻遭遇中共以幾十挺重機槍及60砲掃射，守軍及砲艇損傷慘重。
8月12日 中共進犯北竿塘北的西洋島，游擊隊健兒奮勇抵抗，後游擊隊員部份轉入莒光島。
9月4日 突擊隊在林正乾中隊長率領下，乘「南洋艇」經過24小時航程，進入平潭島觀音澳上岸，與中共守軍發生激戰。
9月9日 台灣防衛副總司令舒適存及隨員9人，蒞本縣5天巡視環島工事，並至白犬島視察游擊部隊，見官兵夏服因搬運沙石，構築工事，均已破碎難以遮體，終日赤膊生活，始知衣食補給困難，其中尤以服裝問題急待解決。
9月22日 國民政府允許商船往來於基隆、高雄、金門、馬祖間。
10月底 本縣駐軍砲擊大陸連江黃岐鎮，造成30多間民房全燬。
11月24日 游擊隊第三總隊長吳潮珍(又名兆酊、綽號魚丸八)等多人由本縣潛入大陸琯頭時，不幸被中共抓捕。
民國四十年(1951年)
2月13日 清晨五時許，中共機帆船8艘，木船20餘艘，乘閩江濃霧高潮向高登島圍攻，我游擊隊英勇奮戰2小時，擊退犯敵。
2月14日 中共30餘艘帆船再犯高登島，馬祖守備區派出「海利艇」馳往搜索外，海軍總司令部另派「永勝艦」前往該區海域，嚴密戒備。
2月17日 馬祖巡防處派「祁連美艦」由高登島駛赴西洋島採購副食，與中共大批帆船遭遇，仍以重機槍猛烈掃射，帆船逃散。
6月21日 海軍在近海攔截開往上海懸掛宏都拉斯國旗的1200噸商船(船主是葡萄牙人)，滿載木材，且為澳門某商人所有，船員多為國人，押抵本縣。
7月15日晚 反共救國軍海上特種突擊中隊長李承山率石卓鳳、張濤、田錦鵬、張煌、張亞枝、楊永順六員摸黑登上亮島，觀察2日，並將國旗插在島上，將該島納入馬祖防線版圖。
10月15日 國防部以第102號令宣佈：馬祖為敵前，馬祖防區官兵犯行，一律以戰時軍律論刑，敵前逃亡者，處死刑。
民國三四十一年(1952年)
7月27日 中共28軍一部，進犯馬祖行政公署的西洋區和浮鷹區，並未得逞而返。
8月4日 北竿後澳村民林姓、陳姓、吳姓、王姓等四人誤觸地雷而亡。
8月10日 中共84師250團一部攻打屬馬祖行政公署的「西洋」、「浮鷹」兩區，雙方發生激戰。
是月 中共稱馬祖海軍艦隊和游擊隊，自6月至今，劫走大陸漁船32艘，擄走漁民100多人，打死2人，傷2人，75人下落不明。
11月23日 陸軍第19軍第18師奉命由金門移防本縣，接替13師防務。
民國四十二年(1953年)
1月9日 海軍艦艇在大陸長樂縣沿海襲擊，扣押大陸漁民45名。
7月13日 中共水兵師及警備5團各一部，由霞浦西江起渡，攻打海保部隊戍守的西洋、浮鷹、北礵區及所屬的馬刺、魁山各島，雙方互有傷亡。
8月4日 馬祖海軍巡防處陳安華中校轉呈海軍總司令部馬中將稱：「永和艦」巡弋馬祖西北西海面（北茭附近），遇中共機帆船10餘艘截擊，並遭北茭岸砲40餘發之攻擊，人艦無損。
12月5日 國防部(部長郭寄嶠)訂定游擊部隊立功積分計算表，俘虜中共村、鄉、區、縣、省級幹部首功人員，不同得分敘功。
12月上旬 黃岐民兵用風箏向南竿塘散發宣傳品。
民國四十三年(1954年)
8月 福建沿海集結大量兵力，引發台海危機。
9月6日 空軍第五聯隊長楊紹廉和第六大隊分隊長尚精權上尉,駕RF-51機一架,飛抵福州機場偵照。
9月8日 北竿坂里村王姓漁民在中澳口誤觸地雷重傷，送醫途中不治。
10月2日 在東湧橫山海域作業的大陸黃岐漁船，遭巡弋馬祖的海軍艦艇緝捕12艘，船長和船員被送往台灣。
10月5日晚 由福州方面起飛的中共飛機，向馬祖島方向飛行，有侵犯之意圖，最後折向平潭島方向。
11月 本縣各島澳口設置水泥墩軌條砦障礙物，以阻共軍舟艇登陸之戰備設施，第一期在五大區（南竿東守備區，西守備區，北竿、莒光、東引守備區），以海攤現況，每隔3公尺一座，以3列計算，開始錯綜配置。
11月20日 高登部隊所屬上等兵戰士汪喜田(湖北孝感人)，在鐵尖堡值哨，活捉中共蛙人(水鬼)一名。
是年 駐軍砲擊大陸黃岐半島15次，飛機掃射4次。
民國四十四年(1955年)
1月1日 紀念著名的登步大捷，駐軍配合需要發行「登步報」，為油印日報。
1月18日 浙江一江山失守。
2月6日 撤守大陳、漁山、披山各島縮短防線。
2月10日 中共派部隊進佔西洋、浮鷹、北礵等島，海保部隊不支撤守。
2月17日 中共浙江步兵第309團第一、二營配屬3個砲兵連，進佔台山列島，馬祖行政公署所屬西洋、浮鷹、四礵、台山等四區相繼淪陷。
2月23日 84師由大陳撤退，奉命防守馬祖，原任師長尹國祥他調(03.16)，由華心權繼任。
2月26日 國防部副部長余伯泉，美軍顧問團蔡斯團長視察馬祖防務。
3月 國軍重裝備長射程火砲運抵馬祖，正規軍增援備戰。同時中共也在福州趕修噴射機場。
3月4日 中共砲艇、機帆船結集40餘艘，乘霧進犯高登，為我守軍擊潰。
3月7日 政府聲明死守金門、馬祖。