村指導員有三項職責：村民人口流動登記，民防組訓和勤務派遣，尤其在局勢緊張的戰地，為保密防諜，嚴密戶口，時常實施不定期的戶口突擊檢查，還要翻箱倒櫃，查看有否違禁品、槍械或大陸刊物、宣傳品等。村民出入島嶼要辦「出境條」，像從北竿、莒光到南竿得先到村公所辦「出境單」，漁民出海要開「出港証」，冬夏出港時間限制不同，外村人入宿本村要到村公所辦理流動人口登記。
其次是民防組訓，縣境男女納入戰鬥行列，縣設民防總隊，鄉為大隊，村為中隊，每年都要集訓，有計畫有步驟的定期訓練，啟發智能，嫻熟武器操作，灌輸敵情觀念，並訓練一般防護救災，課程由民防指揮部派員指導，當時因有人聽不懂國語(普通話)，教官旁偶而還站立一位翻譯員。民防隊平時還要擔任後勤運補、交通維護、搶修救護。勤務派遣方面，諸如挖村防空壕洞、協助構工、搬運、婦女隊勞軍活動等。
「指導員」這個職務到民國47年以後改為「副村長」，這一些副職人員都由政務大隊派來，村落行政交由他們處理。
不管是指導員或副村長，像傳統的父母官，村民日常生活都在其管轄範圍，舉凡村民大會、五戶聯保、貧民救助、人口的出生和死亡、村民糾紛、造林、家禽家畜的飼養、滅鼠、滅蠅。到八二三砲戰後，中共經常打宣傳砲彈，副村長會規定村民撿到傳單要繳交村公所，以數量換獎金、獎品。
民國42年連江縣和長樂縣時代各村指導員名冊(當年沒有打字機，是臘紙複寫或刻鋼板油印)
以下是民國67年3月19日的馬祖日報，當時副長村由部隊的士官長出任：
以下是民國67年3月16日的馬祖日報，縣府人事室表示，為了強化地方自治，並為創造地方青年就業機會，於是開放副村長甄試，招考21人。同時，開放北竿、莒光兩鄉的副鄉長甄試：
考試在次月舉行，61人應考：
