根據民間傳說，宋朝年間林默娘因投海營救父兄，不幸遇難，林默娘的遺體隨海漂流至南竿島附近，被漁民打撈上岸，漁民感佩其孝心，將她葬在海岸邊，之後湄州鄉親得知此事，跨海到南竿將媽祖遺骸迎回，只保留衣冠塚。
雖然南竿馬港天后宮歷經多次整建，但現在所見的衣冠塚，也就是當時的墓穴，從未移動，據說每次有意移動，都會有一些靈異事件發生，如民國52年國軍因辦理伙食時不慎發生火災，燒了部分廟體，為平息眾怒而承諾改建，工兵在施工時無意將地磚舖過墓穴，隔天地磚離奇地全部破碎；而最近一次，也就是民國90年的改建，施工單位原本怕破壞墓石所在，打算暫時遷移，但鑽地的地鑽卻突然斷裂。
新廟落成時，廟方原本想為墓石塗上油彩，但奇怪的是，任何塗漆都難以上色，經擲筊請示，媽祖做了保持墓穴原樣原色的指示。林默娘的衣冠塚就在香案前方，為保護墓石，廟方裝上了強化玻璃。
由於前立委曹原彰的爭取，天后宮對面山頭的媽祖紀念園區已興建完成一座高達28.8公尺的媽祖巨神像，成為觀光新景點，但紀念園區尚在興建中，旅客進出園區應注意安全。
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